小区二楼商铺改成公寓是否合法，需根据具体情况综合判断，主要取决于改造行为是否符合相关法律法规、城市规划要求、房屋结构安全标准以及是否获得相关利益方的同意。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律法规与城市规划要求
规划变更：
- 商铺和公寓在规划设计阶段就已确定了不同的使用性质。若要将商铺改为公寓，必须向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出变更申请，并经过审核批准。只有当变更符合城市规划要求，如区域整体功能布局允许、周边配套设施能够满足变更后的需求等，并依法办理了规划变更手续，改造才是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，任何对房屋使用性质的变更均需获得规划部门的批准。
土地使用规定：
- 改造后的公寓用途必须与当地的土地使用规划相符。如果土地使用性质不允许用于居住，那么这种改造是不合法的。因此，在进行改造前，需要核实土地使用证上的用途限制。
二、房屋结构安全
结构改造审批：
- 将商铺改成公寓可能需要对房屋结构进行改造，如拆除或移动部分墙体。这类改造必须经过原设计单位或者具有相应资质等级的设计单位提出设计方案，并进行结构安全评估。未经批准擅自变动建筑主体和承重结构是违法的，会影响建筑物的整体安全性能。
- 法律依据：根据《建设工程质量管理条例》的相关规定，对房屋结构进行改造需获得相关部门的批准，并确保改造后的结构安全。
施工许可：
- 在改造过程中，还需要按照相关规定办理施工许可等手续，并确保在施工过程中严格按照设计方案进行操作。这样才能保证结构改造的合法合规性。
三、消防安全与环保要求
消防安全：
- 不同用途的建筑有不同的消防设计和设施配置要求。改造时需按照公寓的消防要求进行改造和配置消防设施，确保符合《中华人民共和国消防法》的规定，避免降低消防安全标准。
环保要求：
- 商铺改公寓需满足居住环境的环保标准，如噪音限制、污水处理等。若改造后产生的污染物超过居住环境排放标准，将违反《中华人民共和国环境保护法》等相关法律法规。
四、物业管理与其他业主权益
物业管理规约：
- 小区的物业管理规约通常会对房屋的使用和改造进行规范。改造行为必须遵守物业管理规约，不得影响小区的环境卫生、安全管理难度和整体风貌。在进行改造前，应与物业管理公司进行沟通，取得其同意，并按照物业管理的要求办理相关手续。
其他业主意见：
- 商铺改成公寓可能会对其他业主的权益产生影响，如增加居住密度、导致停车位紧张、电梯使用频繁等问题，或改变原有的商业氛围。因此，在进行改造前，应充分征求有利害关系业主的意见，并获得他们的同意或采取相应的补偿措施。这有助于保障其他业主的合法权益，避免潜在的纠纷。
五、实际操作建议
咨询相关部门：
- 在进行改造前，建议咨询当地规划、住建、消防、环保等部门，了解具体的法律要求和程序，确保改造行为的合法性和合规性。
专业评估与审批：
- 委托具有相应资质的专业机构对房屋结构进行安全评估，并按照评估结果进行改造设计。同时，按照相关规定办理规划变更、施工许可等手续。
与物业管理公司和其他业主沟通：
- 在进行改造前，与物业管理公司和其他业主进行充分沟通，取得他们的理解和支持。这有助于减少改造过程中的阻力和纠纷。
总结来说，小区二楼商铺改成公寓的合法性取决于多个因素的综合考量。在进行改造前，务必确保改造行为符合相关法律法规、城市规划要求、房屋结构安全标准以及获得相关利益方的同意。只有这样，才能确保改造行为的合法性和合规性，避免不必要的法律风险和经济损失。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。