当医疗部门确定职工患有职业病后，会按照一系列规定和流程来处理，以确保患者的权益得到妥善保障。以下是具体的处理步骤和要点：

首先，职业病诊断与证明：

• 职业病的诊断会严格遵循卫生部颁发的《职业病诊断管理办法》及其相关规定进行。
• 一旦被确诊患有职业病，职工将获得由职业病诊断机构出具的《职业病诊断证明书》，这是享受后续待遇的重要依据。

接下来，享受工伤保险或职业病待遇：

• 确诊的职业病患者将享受国家规定的工伤保险待遇或职业病待遇，这包括医疗费用报销、伤残津贴、一次性伤残补助金等。

然后，单位安排医治与疗养：

• 职工所在单位会根据职业病诊断机构的意见，安排患者进行医治或疗养，确保患者得到及时有效的治疗。

紧接着，工作岗位调整：

• 如果患者在医疗或疗养后被确认不宜继续从事原有害作业或工作，单位应在确认之日起的两个月内将其调离原工作岗位，并另行安排合适的工作。
• 对于因工作需要暂不能调离的生产、工作技术骨干，调离期限最长不得超过半年。

此外，健康档案与职业病待遇的连续性：

• 从事有害作业的职工，其所在单位必须为其建立健康档案，记录职工的健康状况和职业病检查情况。
• 如果职工变动工作单位，事先需经当地职业病防治机构进行健康检查，检查材料将装入健康档案。
• 职工到新单位后，新发现的职业病不论与现工作有无关系，其职业病待遇由新单位负责。过去已按有关规定处理的不再改变。

同时，劳动合同终止或解除后的职业病待遇：

• 如果劳动合同制工人、临时工在终止或解除劳动合同后，在待业期间新发现的职业病与上一个劳动合同期工作有关，其职业病待遇由原终止或解除劳动合同的单位负责。
• 如原单位已与其他单位合并，由合并后的单位负责；如原单位已撤销，应由原单位的上级主管机关负责。

最后，工会组织的监督与维权：

• 各级工会组织有权监督检查患职业病的职工有关待遇的处理情况。
• 对于不按国家规定处理、损害职工合法权益的单位，工会应出面进行交涉，直至代表职工本人向法院起诉。

综上所述，当医疗部门确定职业病后，患者将享受一系列的待遇和保障措施，包括工伤保险待遇、医治与疗养安排、工作岗位调整、健康档案建立以及工会组织的监督与维权等。这些措施旨在保护职业病患者的合法权益，确保他们得到及时有效的治疗和妥善的安置。