针对您提出的问题，即员工已经签订了2份固定协议后，第三份公司应该如何签订，以下是我根据相关法律法规和实际操作经验给出的详细解答：
一、法律规定与适用条件
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，当劳动者与用人单位已连续订立二次固定期限劳动合同，且劳动者不存在严重违反用人单位规章制度或不能胜任工作等特定情形时，用人单位在续签劳动合同时，应当与劳动者订立无固定期限劳动合同。这是法律对劳动者权益的一种保护，旨在避免用人单位通过不断签订固定期限劳动合同来规避对劳动者的长期责任。
二、具体操作建议
评估劳动者情况：
- 在续签前，公司应对劳动者的工作表现、能力、态度等进行全面评估。
- 确认劳动者是否存在《劳动合同法》第三十九条和第四十条第一项、第二项规定的情形，如严重违反公司规章制度、不能胜任工作等。
与劳动者沟通：
- 如果劳动者表现良好，且符合签订无固定期限劳动合同的条件，公司应主动与劳动者沟通，表达续签无固定期限劳动合同的意愿。
- 如果劳动者主动提出希望继续签订固定期限劳动合同，公司可以在尊重劳动者意愿的基础上，与其签订固定期限劳动合同。但这种情况并非必须，且应确保劳动者的选择是自愿且明智的。
签订无固定期限劳动合同：
- 如果双方达成一致，公司应与劳动者签订无固定期限劳动合同。合同内容应明确双方的权利和义务，包括工作内容、工作地点、工作时间、薪酬待遇等。
- 签订无固定期限劳动合同后，公司应妥善保管合同文本，以备后续查阅和管理。
三、特殊情况处理
- 如果劳动者在两次固定期限劳动合同期间已累计工作满十年，即使不续签，也视为双方已形成了无固定期限的劳动合同关系。此时，公司应主动与劳动者确认并签订无固定期限劳动合同。
- 如果劳动者在合同期间出现了严重违反公司规定或存在重大过错的情况，公司有权根据法律规定和合同约定，不与劳动者签订第三次劳动合同。
四、法律后果与风险防范
- 如果公司违反法律规定，不与符合条件的劳动者签订无固定期限劳动合同，将面临向劳动者每月支付二倍工资作为赔偿金的法律风险。
- 因此，公司在劳动合同管理过程中，应严格遵守相关法律法规，对符合签订无固定期限劳动合同条件的劳动者，及时与其签订无固定期限劳动合同，以避免不必要的法律风险和经济损失。
综上所述，当员工已经签订了2份固定协议后，第三份合同的签订应根据法律规定和实际情况来判断。在大多数情况下，如果劳动者无过错且适应工作，公司应当与劳动者签订无固定期限劳动合同。