结论：事业单位人员退休二年后，一般不能直接处理三年前在职时的旷工问题，但旷工行为若在当时已构成严重违纪，且单位有相应处理规定，理论上单位可依据规定进行相应处理，不过实际操作中会面临诸多限制和困难。以下从不同角度详细分析：
从法律时效性角度
劳动纪律处理的时效性：
- 通常情况下，对于员工的违纪行为，单位应在合理期限内进行处理。虽然法律并未明确规定一个具体的、适用于所有情况的“合理期限”，但旷工行为若发生在三年前，且员工已退休二年，从时效性上看，单位此时再进行处理可能已超出了一般认知的合理范围。
- 如果单位在员工旷工当时就已知情，但未及时处理，而是等到员工退休后才提出，这可能被视为单位对自身权利的放弃或怠于行使，从而影响单位后续处理的合法性。
退休后的法律关系变化：
- 员工退休后，与原单位之间的劳动关系终止，双方之间的权利义务关系主要转变为养老保险等社会保障关系。因此，单位对退休员工的管理权限和纪律处分权也相应丧失。
- 旷工行为发生在在职期间，但处理时员工已退休，单位难以再以在职时的劳动纪律规定对退休员工进行直接处理。
从单位规章制度角度
规章制度的有效性：
- 如果单位在员工在职期间有明确的规章制度规定旷工的处理方式，且该规章制度合法有效（即经过民主程序制定、已向员工公示等），那么理论上单位可以依据该规章制度对旷工行为进行处理。
- 但如前所述，由于员工已退休，单位在实际操作中可能面临诸多困难，如如何送达处理决定、如何执行处理措施等。
规章制度的适用范围：
- 单位的规章制度通常适用于在职员工，对于退休员工是否适用可能存在争议。即使规章制度中未明确排除退休员工的适用，但考虑到退休员工与单位之间法律关系的变化，单位在引用规章制度对退休员工进行处理时也应谨慎。
从实际操作角度
处理难度：
- 员工已退休二年，可能已离开原居住地或联系方式发生变更，单位难以与其取得联系并送达处理决定。
- 即使能够联系到员工，由于员工已退休，单位可能难以对其采取有效的处理措施，如扣发工资、解除劳动合同等（因为这些措施通常针对在职员工）。
社会影响：
- 单位对已退休员工进行处理可能引发社会关注和舆论压力，尤其是如果处理结果对员工不利时。因此，单位在决定是否处理以及如何处理时应充分考虑社会影响。
建议
- 对于单位：如果认为员工的旷工行为确实严重违反了单位规章制度且造成了重大损失，可以考虑通过法律途径（如提起民事诉讼）追究员工的赔偿责任，但这需要充分的证据支持且面临一定的诉讼风险。
- 对于员工：如果收到单位关于旷工的处理决定或相关通知，应及时与单位沟通了解情况，并咨询专业律师以维护自己的合法权益。
总结：事业单位人员退休二年后，单位一般不能直接处理三年前在职时的旷工问题。但旷工行为若在当时已构成严重违纪且单位有相应处理规定，单位理论上可依据规定进行相应处理，不过实际操作中会面临诸多限制和困难。如有具体法律问题，可直接向我咨询。