结论：公司工资已经截止，但在发工资那天员工没有上班，如果公司仍然支付了工资，一般情况下不会产生严重的法律后果，但具体还需根据公司的规章制度以及实际情况来判断。以下从不同角度为你详细分析：

从公司规章制度角度

1. 规章制度有明确规定：如果公司的规章制度中明确规定，即使员工在发工资日未出勤，只要员工在当月有正常出勤且完成了工作任务，公司仍需全额支付工资，那么公司支付工资就是符合规定的，不会产生任何问题。例如，公司规定每月15日为发薪日，员工在15日当天因个人原因请假未上班，但该员工在当月其他时间均正常出勤并完成了工作任务，按照公司制度，公司应全额支付当月工资。
2. 规章制度无明确规定或规定模糊：若公司规章制度对此情况没有明确规定，或者规定比较模糊，那么公司支付工资的行为可能引发一些内部管理上的讨论。比如，其他员工可能会认为这种做法不公平，尤其是那些在发薪日正常出勤的员工。但从法律层面来讲，只要公司支付工资的行为不违反法律法规的强制性规定，一般不会被认定为违法。

从法律法规角度

1. 工资支付的基本原则：根据《中华人民共和国劳动法》以及相关工资支付规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。只要员工在当月提供了劳动，完成了工作任务，公司就应当支付相应的工资。发工资日员工未上班，并不影响其当月已经提供劳动的事实，所以公司支付工资是符合法律规定的。
2. 特殊情况下的工资支付：如果员工未上班是因为请假，且请假事由符合公司规定或者法律法规的规定（如病假、事假、年假等），公司支付工资也是合理的。但如果员工未上班属于旷工等违反公司规章制度的行为，公司虽然支付了工资，但后续可以根据规章制度对员工进行相应的处罚，如警告、扣发绩效奖金等。不过，这种处罚应当在公司规章制度中有明确规定，并且要遵循合法、合理、公正的原则。

从实际操作角度

1. 避免内部矛盾：为了避免因这种情况引发其他员工的不满和内部矛盾，公司可以在规章制度中明确规定发工资日未出勤的处理方式，或者在支付工资时向员工说明情况，让员工了解公司的支付原则和依据。
2. 保留相关证据：公司应当保留好员工的考勤记录、工作任务完成情况等相关证据，以备在需要时证明员工当月的工作情况和工资支付的合理性。

建议：如果公司遇到这种情况，建议先查看公司的规章制度，按照制度规定处理；如果制度没有明确规定，可以与员工进行沟通，说明情况，避免引起不必要的纠纷。同时，公司也可以考虑完善规章制度，明确发工资日未出勤等特殊情况的处理方式，以规范公司的管理。如果你还有其他关于工资福利方面的疑问，可以直接向我咨询。