核心结论：针对工厂不配合申报医疗保险和伤残补助金的情况，您可以通过以下途径解决，且劳动仲裁的推进与后续维权并不冲突，可同步进行。

1. 明确工厂的法定义务，固定其不配合的证据

根据《工伤保险条例》第十七条，用人单位应在事故伤害发生后30日内，向社保部门提出工伤认定申请；若未按时申请，职工或其近亲属可在1年内直接申请，且在此期间发生的工伤待遇费用由用人单位承担。
关键证据：

• 工伤认定决定书（已取得则直接证明工伤事实）；
  
• 与工厂沟通的记录（如微信、邮件、录音等，证明工厂拒绝配合申报）；
  
• 医疗费用单据、诊断证明等（证明实际产生的医疗费用）。
  

作用：这些证据可证明工厂未履行法定义务，后续无论是通过劳动仲裁还是行政投诉，均需以此为依据。

2. 同步推进劳动仲裁，主张工伤保险待遇赔偿

若工厂未为您缴纳工伤保险（或未按时申报导致无法享受待遇），根据《工伤保险条例》第六十二条，所有工伤保险待遇（包括医疗费、伤残补助金、一次性工伤医疗补助金等）均应由工厂承担。
劳动仲裁请求事项：

• 要求工厂支付已产生的医疗费用；
  
• 要求工厂支付伤残等级对应的补助金（需以劳动能力鉴定结论为依据）；
  
• 若工厂未缴纳社保，可要求其补缴社保或赔偿因未缴纳导致的损失。
  

注意：劳动仲裁中，您需提交工伤认定书、劳动能力鉴定结论（若已鉴定）、医疗费用单据等证据，证明工厂应承担的责任。

3. 向社保部门投诉工厂未申报工伤保险

若工厂已为您缴纳工伤保险，但拒绝配合申报待遇，您可直接向当地社保部门（如社保局工伤保险科）投诉，要求社保部门督促工厂申报或直接为您办理待遇申领。
法律依据：

• 《社会保险法》第八十三条：个人与用人单位发生社会保险争议的，可以申请调解、仲裁或提起诉讼；也可直接向社保部门投诉。
  
• 社保部门有权对工厂进行行政处罚（如罚款），并强制其履行申报义务。
  

操作建议：携带工伤认定书、身份证、劳动合同等材料，到社保部门现场投诉或通过其官网、APP提交投诉材料。

4. 若工厂未缴纳工伤保险，可主张双重赔偿

若工厂未为您缴纳工伤保险，除通过劳动仲裁要求工厂支付工伤保险待遇外，您还可根据《安全生产法》第五十六条（若因生产安全事故导致工伤）或《消费者权益保护法》等规定，主张工厂承担侵权责任（如精神损害赔偿等）。
注意：此路径需结合具体案情，建议优先通过劳动仲裁解决工伤保险待遇问题，再视情况主张其他赔偿。

5. 劳动仲裁与行政投诉可同步进行，互不冲突

劳动仲裁解决的是您与工厂之间的民事争议（如赔偿金额），而社保部门投诉解决的是工厂的行政违法问题（如未申报社保）。两者可同时推进，且社保部门的处理结果（如工厂被责令申报）可能直接促进劳动仲裁的进展。

总结建议：

1. 立即整理工厂不配合的证据（沟通记录、医疗单据等）；
   
2. 若已进行劳动能力鉴定，尽快向劳动仲裁委提交仲裁申请，主张工伤保险待遇；
   
3. 同时向社保部门投诉工厂未申报工伤保险，要求其介入处理；
   
4. 若工厂未缴纳社保，可进一步咨询是否可主张其他赔偿（如侵权责任）。
   

如有具体证据或案情细节需要分析，可直接向我提供，我会为您制定更详细的维权方案。