核心结论：针对公司不配合申请伤残补助金的情况，您可以通过协商、投诉举报、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自身权益。以下是对这一问题的详细分析：
核心前提：您已与公司就工伤相关事宜签订了协议，且公司已履行了其应承担的部分责任，但在申请伤残补助金时，公司却不予配合。
具体分析：
协商解决：
- 首先，您可以尝试与公司进行友好协商，明确表达您申请伤残补助金的合理性和合法性，以及公司不配合可能带来的法律后果。
- 在协商过程中，您可以提供相关的医疗证明、工伤认定书等文件，以支持您的申请。
- 如果公司同意配合，那么问题将得到妥善解决。
投诉举报：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动保障监察部门投诉举报公司的行为。
- 劳动保障监察部门有权对公司的违法行为进行调查处理，并可以责令公司改正其违法行为，包括配合您申请伤残补助金。
申请劳动仲裁：
- 如果投诉举报后公司仍然不配合，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 在申请劳动仲裁时，您需要提交相关的证据材料，如工伤认定书、医疗证明、与公司签订的协议等，以证明您的权益受到了侵害。
- 劳动争议仲裁委员会将依法进行裁决，如果裁决支持您的申请，公司必须履行裁决结果。
提起诉讼：
- 如果劳动仲裁裁决后公司仍然不履行裁决结果，或者您对劳动仲裁裁决结果不满意，您可以向人民法院提起诉讼。
- 在提起诉讼时，您需要准备充分的证据材料，并按照法律程序进行诉讼。
- 人民法院将依法进行审理，并作出判决。如果判决支持您的申请，公司必须履行判决结果。
额外建议：
- 在整个过程中，您需要注意保留好所有相关的证据材料，如工伤认定书、医疗证明、与公司签订的协议、协商记录、投诉举报材料等，以备不时之需。
- 如果您对法律程序不熟悉或者感到困惑，可以寻求法律援助或者咨询专业律师（虽然这里不能直接推荐咨询其他律师，但您可以随时向我提问，我会尽力为您提供帮助）。
行动指南：
- 首先尝试与公司协商解决；
- 协商无果后，向当地的劳动保障监察部门投诉举报；
- 如果投诉举报无果，向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁；
- 如果对劳动仲裁裁决结果不满意或者公司不履行裁决结果，向人民法院提起诉讼。
在整个过程中，如果您有任何疑问或者需要进一步的帮助，请随时向我咨询。