核心结论：

1. 社保费用随工资发放的合法性：社保费用原则上应由用人单位代扣代缴至社保账户，直接随工资发放给员工个人并不合法，但若以“社保补贴”形式发放且未依法缴纳社保，则存在法律风险。
2. 补缴社保后是否需退还公司款项：若公司未依法缴纳社保，员工要求补缴后，公司无权要求员工退还已发放的社保补贴或工资中的社保部分；若公司已代扣但未缴纳，员工可要求公司补缴并承担滞纳金，已扣款项应返还至社保账户。

分情况说明：

1. 社保费用随工资发放的合法性分析

• 法律强制性规定：
  根据《社会保险法》第60条，用人单位必须自行申报、按时足额缴纳社保费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应缴纳的部分由用人单位代扣代缴，不得以现金形式直接支付给员工。
  例外情形：若双方协商一致以“社保补贴”形式发放（即公司不缴纳社保，直接给员工额外钱款），此行为因违反法律强制性规定而无效，员工仍可要求公司补缴社保，且公司可能面临行政处罚（如欠缴社保费1-3倍罚款）。

• 实务风险：

  • 对公司：可能被社保部门责令补缴、加收滞纳金，甚至被列入失信名单；若员工以“未依法缴纳社保”为由解除劳动合同，公司需支付经济补偿金。
    
  • 对员工：若接受社保补贴，可能面临退休后养老金不足、医疗报销受限等风险，且补缴时需自行承担个人部分及利息。

2. 补缴社保后是否需退还公司款项

• 公司未缴纳社保，但发放了“社保补贴”：
  员工要求补缴社保后，公司无权要求退还补贴。因社保补贴是公司为规避法定义务而支付的非法款项，员工有权同时主张补缴社保和保留补贴（但实务中法院可能酌情调整，如要求员工返还部分补贴以平衡利益）。

• 公司已代扣员工社保费，但未缴纳至社保账户：
  员工可要求公司：

  1. 将已代扣的款项补缴至社保账户；
     
  2. 支付欠缴期间的滞纳金（日万分之五）；
     
  3. 若因欠缴导致员工损失（如医疗费无法报销），公司需赔偿。
     注：此时员工无需退还公司已代扣的款项，因该款项本就属于员工个人应缴部分。

建议：

• 对公司：依法足额缴纳社保，避免以补贴形式替代；若已发放补贴，建议与员工协商补缴并签署书面协议，明确双方权利义务。
  
• 对员工：若公司未缴纳社保，可向社保部门投诉（12333）或申请劳动仲裁，要求补缴；若已接受补贴，需权衡利弊后决定是否主张补缴（可能需退还部分补贴）。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询社保合规、劳动争议等法律问题。