企业与员工协议将应缴纳的社保费用直接发放给员工，这种做法是不合法的。以下从多个角度详细分析：

1. 法律强制性规定
   根据《社会保险法》第五十八条、第六十条，用人单位必须依法为员工缴纳社会保险（包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险），这是法定义务，不得通过协议约定免除或转移。即使员工自愿签署放弃社保的协议，该协议也因违反法律强制性规定而无效。

2. 社保费用的性质
   社保费用由企业和员工共同承担，其中企业承担的部分属于法定支出，员工承担的部分由企业代扣代缴。企业若将应缴纳的社保费用直接发放给员工，实质是未履行代扣代缴义务，可能面临行政处罚（如补缴、滞纳金、罚款等）。

3. 员工权益风险
   若企业未缴纳社保，员工在发生工伤、医疗、生育等情况时，可能无法享受社保待遇，此时企业需承担全部赔偿责任（如工伤赔偿、医疗费用等）。此外，员工未来退休时可能因社保缴费不足影响养老金领取，最终仍可能通过法律途径要求企业补缴或赔偿。

4. 协议无效的后果
   即使企业与员工签订书面协议，约定“员工自愿放弃社保，企业以现金形式补偿”，该协议因违反法律强制性规定而无效。员工事后仍可主张企业补缴社保，且企业无法以协议为由对抗行政处罚或民事赔偿请求。

建议：
企业应严格依法为员工缴纳社保，避免因小失大。若员工因个人原因不愿缴纳，企业可明确告知法律后果，并保留书面沟通记录（如邮件、签字确认文件），但最终仍需履行法定义务。若员工坚持拒绝，企业可考虑解除劳动合同（需符合法定解除条件）。

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