针对您提出的“公司让员工签订了社保医保补贴协议是否合法”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，社会保险是国家强制实行的社会保障制度，它具有法定的强制性。这意味着，用人单位和员工都有义务按照法律规定缴纳社会保险费用，而不能通过私下约定或签订协议的方式来免除这一责任。
现在，我们来分析公司让员工签订社保医保补贴协议可能带来的风险和问题：
法律风险：如果员工反悔并要求用人单位补缴社会保险时，用人单位仍然需要补缴。这是因为社会保险的缴纳是法定的，不能通过协议来免除。此外，如果双方约定不明确，不能划分社会保险补助的具体数额，员工要求补缴时，用人单位可能面临重复支付社会保险费用的风险。
员工权益受损：当员工需要享受工伤、医疗、生育、失业等待遇时，如果用人单位未缴纳社会保险，将承担社保基金应承担的责任，赔偿劳动者损失。这无疑会给用人单位带来额外的经济负担。
劳动合同解除与经济补偿：如果员工以用人单位未按当地规定的险种为员工建立社会保险关系为由解除劳动合同，用人单位需要支付经济补偿。这同样会给用人单位带来不必要的损失。
行政处罚：用人单位未依法缴纳社会保险费用，还可能受到行政部门的行政处罚，如罚款等。
基于以上分析，我们可以得出结论：公司让员工签订社保医保补贴协议是不合法的。这种做法不仅违反了国家法律的规定，还可能给用人单位带来一系列的风险和问题。
因此，我建议您，如果公司要求您签订这样的协议，您应该明确拒绝，并向公司说明社会保险的法定性和缴纳社会保险的重要性。如果公司仍然坚持要求您签订协议，您可以向当地的劳动监察部门投诉举报，以维护自己的合法权益。同时，您也可以咨询专业的法律人士，获取更详细的法律建议和帮助。