关于公司与员工签订自缴社保协议是否合法的问题，这确实是一个需要细致分析的法律议题。

首先，我们要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》第七十二条和《中华人民共和国社会保险法》第五十八条的规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，并缴纳社会保险费。这是用人单位的法定义务，具有强制性，不能通过私下协议来免除。

接下来，我们分析自缴社保协议的合法性：

1. 协议目的与执行：

   • 如果自缴社保协议的目的或实际执行中导致用人单位逃避法定缴纳社保的责任，那么该协议是不合法的，不具有法律效力。因为这违反了法律关于社会保险缴纳的强制性规定。

2. 协议内容：

   • 协议内容需要不违背法律法规的强制性规定，且是双方真实意愿的表达，同时没有损害国家、集体或者他人的合法权益。例如，协议里可以明确规定自行缴纳社保费用的具体方式、缴费金额以及缴费期限等详细内容，但这些约定都必须符合法律规范。

3. 特殊情况分析：

   • 在某些特殊情况下，如果公司和员工协商一致，员工自愿选择自行缴纳社保，并且公司确实以社保补贴的形式给予了相应的现金补偿，这种协议可能被视为双方自愿的。然而，这并不意味着用人单位可以完全免除其缴纳社保的法律责任。因为即使有这样的协议，当员工要求用人单位补缴社保时，用人单位仍有义务补缴。

再来看自缴社保协议可能带来的风险：

• 对员工的风险：员工虽然可能从用人单位获得了一定的社保补贴，但实际上失去了社保的全面保障。在面临工伤、疾病、失业等风险时，将无法享受社保提供的相应待遇，所有费用和风险将由员工自行承担。

• 对用人单位的风险：即使签订了自行缴纳社保的协议，用人单位仍然有义务在员工要求时补缴社保。如果因未缴纳社保给员工造成损失，用人单位需要承担赔偿责任。此外，用人单位还可能会面临社保行政部门的处罚，包括责令限期改正、罚款等。

综上所述，员工与用人单位签订的自行缴纳社保协议需谨慎对待。用人单位应严格遵守法律规定，履行其法定的社保缴纳义务，以确保员工的合法权益和社会的稳定。员工也应充分了解自身的社保权益，不要轻易放弃社保保障。在签订任何相关协议前，建议双方都咨询专业法律顾问，以确保协议的合法性和有效性。

因此，针对您的问题，公司与员工签订的自缴社保协议，如果其目的或实际执行中导致用人单位逃避法定缴纳社保责任，那么该协议是不合法的。