公司这种做法是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从社保缴纳的法定义务角度 根据我国相关法律规定，用人单位和劳动者都有缴纳社会保险的法定义务。其中，用人单位承担用人单位应缴纳的部分，劳动者承担劳动者应缴纳的部分，这两部分费用有着明确的区分和各自承担主体。公司未经与员工协商，擅自用员工实发工资里的钱来缴纳公司应承担的社保部分，这明显违背了法定的缴费义务划分，属于逃避自身法定责任的行为。

2. 从工资支付规定角度 工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。公司从员工实发工资中扣除本应由公司承担的社保费用，相当于变相减少了员工实际到手的工资，这违反了工资支付的相关规定，侵害了员工获取全额劳动报酬的合法权益。

3. 从劳动合同约定角度 如果劳动合同中明确约定了工资数额以及社保缴纳的相关事项，且没有提及公司可以从员工工资中扣除公司应缴社保费用的情况，那么公司擅自这样操作就是违反了劳动合同的约定。员工可以依据劳动合同的约定，要求公司停止这种违法行为，并补发被扣除的工资。

建议：如果遇到这种情况，员工可以先与公司进行沟通协商，要求公司停止这种不合法的行为，并补发相应的工资。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门对公司进行查处；也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。要是你在这个过程中还有其他疑问，可以直接向我咨询。