结论：是否需要退回公司承担的钱，需分情况讨论，具体如下：

1. 若社保补助协议本身违法
   根据《社会保险法》和《劳动合同法》，用人单位为员工缴纳社保是法定义务，不得通过协议形式免除或转移。若双方签订的“社保补助协议”因违反法律强制性规定被认定无效，则公司无权要求员工返还已发放的补助，且需为员工补缴社保。此时员工申请补缴社保是合法权利，无需退回补助。

2. 若社保补助协议合法有效
   若协议内容不违反法律强制性规定（例如：双方约定将社保费用以补助形式发放，但员工需自行缴纳社保，且公司已履行告知义务），则需进一步分析：

   • 员工未自行缴纳社保：若员工领取补助后未实际缴纳社保，公司有权要求员工返还补助，并需为员工补缴社保（费用由公司承担）。
     
   • 员工已自行缴纳社保：若员工领取补助后已自行缴纳社保，公司仍需为员工补缴社保（费用由公司承担），但员工需返还补助，因为公司实际承担了双重费用（补助+补缴）。
     

3. 实务中的关键点

   • 协议效力：社保补助协议是否合法，需结合具体条款和履行情况判断。例如，若协议约定“员工放弃社保，公司发放补助”，则因违反法律强制性规定而无效。
     
   • 举证责任：若公司主张返还补助，需证明员工未实际缴纳社保或协议合法有效；若员工主张无需返还，需证明协议违法或已自行缴纳社保。
     
   • 行政处罚风险：即使员工同意不缴纳社保，公司仍可能面临劳动监察部门的行政处罚（如补缴社保、缴纳滞纳金等）。
     

建议：

• 若您已签订社保补助协议，建议先核实协议内容是否合法；
  
• 若公司要求返还补助，可要求公司出示您未缴纳社保的证据；
  
• 若公司未为您缴纳社保，您有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补缴社保。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。