结论前置：员工未经同意擅自离职，其工资仍需按照实际工作天数计算并发放，但若因此给用人单位造成损失或违反相关约定，则可能面临赔偿或扣款。下面我将从多个角度详细解释这一问题。
工资计算与发放
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。对于擅自离职的员工，其应发工资的计算公式为：
\[ \text{应发工资} = \frac{\text{月工资收入}}{\text{月计薪天数}} \times \text{实际出勤天数} \]
其中，月计薪天数通常按21.75天计算。这意味着，尽管员工擅自离职，但只要其提供了劳动，用人单位就需按上述标准支付工资。
合同与公司政策的影响
劳动合同条款：劳动合同中可能明确规定了离职、工资支付及违约责任的条款。这些条款可能规定了擅自离职时的工资处理方式，包括是否有权扣减工资或采取其他措施。因此，在处理擅自离职员工工资时，应首先查阅劳动合同中的相关条款。
公司规章制度：公司内部规章制度或员工手册也可能对擅自离职有特别规定，如失去某些福利、奖金或面临工资扣减等。这些规定同样应在处理擅自离职员工工资时予以考虑。
特殊情况及法律后果
给单位造成损失：根据《中华人民共和国劳动合同法》第九十条，若员工擅自离职给用人单位造成经济损失，如影响正常生产经营、导致商业机会丧失等，员工应承担赔偿责任。赔偿金额根据实际损失确定，用人单位需承担举证责任。
违反服务期约定：若用人单位为员工提供专项培训并约定服务期，而员工在服务期内擅自离职，则需按约定支付违约金。违约金数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
潜在扣款：若因擅自离职违反合同或公司规定，用人单位可能有权从员工工资中扣除一部分作为赔偿或违约金。但此扣款行为需符合当地劳动法律法规的限制，且不得超过法定比例。
法律途径与建议
若用人单位以员工擅自离职为由克扣或拖欠工资，员工可通过以下途径维护权益：
同时，建议用人单位和员工在遇到擅自离职情况时，尽快咨询专业法律意见（当然，你可以直接向我咨询），以确保处理方式的合法性和准确性。在处理擅自离职后的工资计算及后续问题时，需综合考虑劳动合同、公司政策、法律法规及实际情况，以确保处理的公正性和合法性。