结论：因劳动关系确认之诉打了两年，加班费的时效是否中止，需根据具体情况判断，一般情况下，劳动关系确认之诉的审理过程本身并不直接导致加班费时效的中止，但若在此过程中存在法定时效中止事由，如不可抗力或其他障碍，则加班费时效可能中止。
分析说明：
加班费时效的一般规定：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。加班费作为劳动报酬的一部分，其争议同样适用这一时效规定。
劳动关系确认之诉与加班费时效的关系：
- 劳动关系确认之诉是解决劳动关系是否存在、何时建立、何时终止等问题的诉讼。它本身并不直接涉及加班费的计算或支付，因此，该诉讼的审理过程并不直接导致加班费时效的中止。
- 然而，如果劳动关系确认之诉的审理结果直接影响到加班费的计算或支付（例如，确认了劳动关系存在的时间段，从而确定了加班费的计算基数或期间），那么，在劳动关系确认之诉审理期间，劳动者可能因无法确定加班费的具体数额或支付主体而无法及时主张权利。但这种情况并不构成法定时效中止事由，除非同时存在其他导致时效中止的情形。
加班费时效中止的法定事由：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百九十四条，在诉讼时效期间的最后六个月内，因下列障碍，不能行使请求权的，诉讼时效中止：（一）不可抗力；（二）无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人，或者法定代理人死亡、丧失民事行为能力、丧失代理权；（三）继承开始后未确定继承人或者遗产管理人；（四）权利人被义务人或者其他人控制；（五）其他导致权利人不能行使请求权的障碍。
- 如果在劳动关系确认之诉审理期间，存在上述法定时效中止事由，且该事由持续至加班费时效期间的最后六个月内，则加班费时效可能中止。
特殊场景：
- 若劳动者在劳动关系确认之诉审理期间，因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他法定障碍无法行使加班费请求权，且该障碍持续至加班费时效期间的最后六个月内，则加班费时效中止。中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
行动建议：
- 对于劳动者：如果您在劳动关系确认之诉审理期间，因法定事由无法及时主张加班费，请务必保留好相关证据（如不可抗力证明、医疗证明等），以便在时效中止原因消除后及时主张权利。
- 对于用人单位：请密切关注劳动关系确认之诉的审理进展，以及加班费时效的计算情况，避免因时效问题而承担不必要的法律责任。
后续思考依据：
- 在处理类似案件时，法院会综合考虑劳动关系确认之诉的审理结果、加班费时效的计算情况以及是否存在法定时效中止事由等因素，来判定加班费是否已过时效。因此，劳动者和用人单位在处理此类问题时，应充分了解相关法律法规，并咨询专业律师的意见。
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