结论：老板因司机贪污100块钱而直接扣司机工资的行为，是否违法需分情况讨论。一般情况下，老板无权直接扣除司机工资作为对贪污行为的惩罚，这种做法可能违法。但如果双方在劳动合同或公司规章制度中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么老板按照约定扣除工资可能是合法的。

分析说明：

1. 一般情况下的违法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按时足额支付。
   • 老板因司机贪污而直接扣除工资，实际上是对司机的一种经济处罚。然而，这种处罚方式并非法律所允许的常规处罚手段。除非双方有明确的约定，否则老板无权单方面决定扣除工资。
   • 如果老板未经司机同意或未按照法定程序（如通过劳动仲裁或法院判决）就擅自扣除工资，那么这种行为可能构成违法，司机有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

2. 有约定情况下的合法性：

   • 如果双方在劳动合同或公司规章制度中明确约定了，对于员工的贪污、盗窃等违法行为，用人单位有权按照一定比例或金额扣除工资作为惩罚，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么老板按照约定扣除工资可能是合法的。
   • 但需要注意的是，即使双方有约定，扣除工资的金额也应当合理，不能过分高于司机贪污的实际损失，否则可能被视为对司机的过度惩罚，从而引发法律纠纷。

特殊场景：

• 在实际操作中，如果司机贪污行为确实给老板造成了经济损失，老板可以通过合法途径（如提起民事诉讼）要求司机赔偿损失，而不是直接扣除工资。
• 另外，如果司机贪污行为涉嫌犯罪，老板应当及时向公安机关报案，由司法机关依法处理，而不是自行采取处罚措施。

行动建议：

• 对于老板：如果发现司机有贪污行为，应当首先收集证据，然后通过合法途径要求司机赔偿损失或接受法律制裁，而不是直接扣除工资。
• 对于司机：如果认为老板扣除工资的行为违法，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。

法律依据：

• 《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
• 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”

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