综合计算工时制下，国家法定节假日加班工资的计算方式为：按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资，且该加班工时一般不纳入综合计算周期内的总工时进行调休抵扣。以下从多个角度详细分析：
一、综合计算工时制的基本概念
综合计算工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。其核心在于，在一个综合计算周期内，劳动者的总实际工作时间只要不超过总法定标准工作时间，就不视为加班；超出部分则视为延长工作时间，需支付加班工资。但国家法定节假日安排工作的，直接按300%支付加班工资，不纳入综合计算周期调休。
二、国家法定节假日加班工资的计算依据
根据《劳动法》第四十四条第三项规定：“法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。”这一规定适用于所有工时制度，包括标准工时制、不定时工时制和综合计算工时制。因此，在综合计算工时制下，国家法定节假日安排劳动者工作的，必须按照劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
三、具体计算方法
- 日工资标准的确定：日工资标准通常按照劳动者本人月工资除以月计薪天数（21.75天）来计算。例如，劳动者月工资为5000元，则其日工资标准为5000元÷21.75天≈229.89元/天。
- 加班工资的计算：在国家法定节假日安排劳动者工作的，加班工资=日工资标准×300%。以上述例子为例，若劳动者在国家法定节假日工作1天，则其应获得的加班工资为229.89元/天×300%=689.67元。
- 小时工资标准的确定与计算：若需按小时计算加班工资，小时工资标准=日工资标准÷8小时。例如，劳动者小时工资标准为229.89元/天÷8小时≈28.74元/小时。在国家法定节假日工作1小时，则其应获得的加班工资为28.74元/小时×300%=86.22元。
四、注意事项
- 综合计算周期内的调休问题：在综合计算工时制下，一个综合计算周期内的总实际工作时间未超过总法定标准工作时间的，即使劳动者在某些工作日或工作周内实际工作时间超过了8小时或40小时，也不视为加班，用人单位无需支付加班工资。但国家法定节假日安排工作的除外，该部分加班工资需单独计算且不得调休抵扣。
- 加班工资的支付时间：用人单位应在劳动者完成加班工作后的下一个工资支付周期内支付加班工资。若用人单位未按时支付，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 劳动合同与规章制度的规定：用人单位与劳动者在劳动合同中或规章制度中约定的加班工资支付标准不得低于法定标准。若约定低于法定标准的，该约定无效，用人单位仍需按照法定标准支付加班工资。
五、案例分析
假设某企业实行以季为周期的综合计算工时制，某劳动者季总法定标准工作时间为500小时（假设每季平均工作天数为62.5天，每天8小时）。在该季度内，劳动者实际工作时间为520小时，其中包含国家法定节假日工作8小时。则：
- 综合计算周期内延长工作时间的加班工资：因总实际工作时间未超过总法定标准工作时间（520小时<500小时+法定调休等可能增加的时间，但此处仅考虑基本标准），故除国家法定节假日外的延长工作时间不视为加班，无需支付加班工资（但实际操作中，若超出部分需支付加班工资，则按150%计算，此例未超出故不讨论）。
- 国家法定节假日的加班工资：劳动者在国家法定节假日工作8小时，应获得的加班工资为：小时工资标准×8小时×300%。假设劳动者月工资为5000元，则小时工资标准为28.74元/小时，加班工资为28.74元/小时×8小时×300%=689.76元。
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