在综合工时制度下，关于年假时间的计算以及年假是否算作工时的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
一、年假时间的计算
年假时间的计算主要依据《职工带薪年休假条例》的相关规定，并结合综合工时制度的特点进行。
年假天数确定：
- 根据劳动者的工作年限，确定其应享受的年假天数。一般来说，工作满1年不满10年的，年假5天；工作满10年不满20年的，年假10天；工作满20年的，年假15天。
年假安排原则：
- 年假应在1个年度内集中安排或分段安排，一般不跨年度安排。但因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。
- 用人单位在安排年假时，应考虑劳动者的工作情况和个人意愿，尽量满足劳动者的合理需求。
年假与综合工时周期的关系：
- 在综合工时制度下，年假的安排不受具体工时周期的限制。即无论工时周期是周、月、季还是年，年假的享受都是独立的，不受周期内工作时间的影响。
二、年假是否算作工时
在综合工时制度下，年假不应算作工时。以下是详细的解释：
年假的性质：
- 年假是劳动者依法享有的休息休假权利，其本质是为了让劳动者在连续工作一定时间后能够有时间休息和放松，恢复体力和精力。
- 年假期间，劳动者并未实际提供劳动，因此不应将年假时间计算在工时内。
综合工时制的特点与年假的关系：
- 综合工时制虽然允许在一定周期内综合计算工作时间，但其核心在于确保周期内总工作时间不超过法定标准，且平均日/周工作时间符合法规要求。
- 年假作为劳动者的休息休假权利，与综合工时制下的工作时间计算是独立的。年假的享受不会影响综合工时周期内工作时间的计算和安排。
实际操作中的考量：
- 用人单位在统计和管理工时情况时，应明确区分正常工作时间、加班时间和年假时间等不同的时间类别。
- 年假期间，用人单位应按照劳动者正常工作期间的工资收入支付年休假工资报酬，确保劳动者在享受年假的同时不会因未实际工作而遭受经济损失。
三、实际操作建议
建立健全的考勤和工时记录制度：
- 用人单位应建立健全的考勤和工时记录制度，准确记录劳动者的出勤情况和工时使用情况，包括年假的享受情况。
合理安排年假：
- 用人单位应根据劳动者的工作情况和个人意愿，合理安排年假时间，确保劳动者能够充分享受年假带来的休息和放松。
加强沟通与协商：
- 在安排年假时，用人单位应加强与劳动者的沟通与协商，尊重劳动者的意愿和需求，共同制定合理的年假安排方案。
综上所述，在综合工时制度下，年假时间的计算应依据《职工带薪年休假条例》的相关规定进行，且年假不应算作工时。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到有效保障。