教师因患重大疾病请假，学校一般不应扣除部分工资，但具体工资发放标准需根据病假的时长、工作年限以及单位的具体规定来确定。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、总体原则与法律法规依据
不扣工资为基本原则：在一般情况下，教师因病请假是不会被扣除工资的。这一原则基于《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及《国家机关工作人员病假期间生活待遇的规定》等相关法律法规，这些法规明确了病假期间工资发放的基本框架和原则。
法律法规的具体规定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，教师应享受一定期限的医疗期，期间用人单位应支付病假工资或疾病救济费，通常不低于当地最低工资标准的80%。
- 《国家机关工作人员病假期间生活待遇的规定》也明确了国家机关工作人员在病假期间应享受的工资待遇，这些规定同样适用于教师群体。
二、病假期间工资发放的具体标准
病假在规定医疗期内：
- 在此期间，教师通常不会扣或少扣工资，具体支付方式可能因地区差异和单位规定而异。一些经济发达地区或学校可能会制定更高的支付标准，以体现对教师的关怀和支持。
病假超过两个月但不满六个月：
- 工作年限不满十年的教师，工资按90%计发；工作年限满十年的教师，工资照发。绩效可能按一定比例（如50%）计发，具体比例需根据单位规定确定。
病假超过六个月：
- 工作年限不满十年的教师，工资按70%计发，绩效可能停发；工作年限满十年的教师，工资按80%计发，绩效同样可能停发。这一规定旨在平衡教师的医疗需求与单位的运营成本。
特殊荣誉提升待遇：
- 若教师在病假期间获得省、市、自治区人民政府和国务院各部门授予的劳动英雄、劳动模范称号，并保持荣誉的，其病假工资经相关部门批准后可以适当提高。这是对教师辛勤工作和突出贡献的认可与奖励。
三、其他注意事项与权益保障
生活福利不受影响：
- 教师在病假期间应继续享受所在单位的生活福利，如住房补贴、交通补贴等。这些福利是教师正常工作期间应享有的权益，不应因病假而受到影响。
病假时间计算：
- 病假时间的计算通常不包括公休节假日。这意味着教师在计算病假时长时，应排除公休节假日，以确保计算的准确性。
最低保障：
- 病假期间工资低于一定标准（如三十元）的，按该标准发放；原工资低于该标准的，发放原工资。这一规定旨在保障教师在病假期间的基本生活需求。
四、建议与行动指南
了解单位规章制度：
- 教师在请病假前，应详细了解所在单位的规章制度，特别是关于病假工资发放的具体规定。这有助于教师明确自己的权益和义务，避免不必要的纠纷。
保留相关证据：
- 教师在请病假时，应保留好相关的医疗证明和请假手续。这些证据是教师主张自己权益的重要依据，也是单位审核病假申请的必要材料。
及时沟通协商：
- 若教师对单位的病假工资发放标准有异议或疑问，应及时与单位进行沟通协商。通过友好协商，双方可以达成共识，确保教师的权益得到充分保障。
综上所述，教师因患重大疾病请假时，学校一般不应扣除部分工资。但具体工资发放标准需根据病假的时长、工作年限以及单位的具体规定来确定。教师在请病假前应详细了解单位规章制度，保留好相关证据，并及时与单位进行沟通协商，以确保自身权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。