公司以自负盈亏为由苛扣员工工资，这一行为通常是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动法》以及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位不得无故克扣或者无故拖欠劳动者的工资。自负盈亏是公司的一种经营模式，它并不能成为公司克扣员工工资的合法理由。除非劳动合同中有明确约定，或者公司能够证明员工的工资与公司的盈亏状况直接相关，并且这种约定或证明符合法律法规的规定，否则公司不能以自负盈亏为由克扣员工工资。

实际操作角度

在实际操作中，如果公司确实因为经营困难等原因需要调整工资支付方式或标准，应当与员工进行协商，并达成一致意见。这种协商应当遵循平等、自愿、公平的原则，不能单方面强制员工接受公司的决定。如果公司未经员工同意，擅自以自负盈亏为由克扣工资，员工有权向劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。

特殊情况说明

当然，也存在一些特殊情况。比如，如果员工违反了公司的规章制度或者劳动合同中的约定，给公司造成了经济损失，公司可以根据规定要求员工承担一定的赔偿责任。但是，这种赔偿应当从员工的工资中扣除时，必须符合法律法规的规定，比如扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准等。即使在这种情况下，公司也不能以自负盈亏为由随意克扣员工工资。

建议与后果

如果你所在的公司以自负盈亏为由苛扣你的工资，我建议你首先与公司进行沟通协商，要求公司按照劳动合同的约定和国家规定支付你应得的工资。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。公司如果违法克扣工资，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付工资、加付赔偿金等；同时，公司还可能因为违法行为而损害自身的声誉和形象，影响公司的长期发展。

综上所述，公司以自负盈亏为由苛扣员工工资是不合法的。如果你遇到了这种情况，不要犹豫，及时采取措施维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。