公司扣员工工资是否合法，需根据具体情况判断。在符合法律法规和规章制度的前提下，某些扣除是合法的；而无正当理由或超出法定范围的扣除则是非法的。以下从合法与非法两个角度，为您详细分析：
合法扣工资的情形
代扣代缴法定款项：
- 公司可以依法代扣代缴员工的个人所得税、社会保险费用（如养老保险、医疗保险等）、住房公积金以及其他法律、法规规定的应由员工个人负担的费用。例如，每月从工资中扣除的个人所得税，就是公司代扣代缴的法定义务。
依据合法有效的规章制度：
- 如果公司通过民主程序制定了合法有效的规章制度，并且这些制度已向员工公示，那么公司在员工违反规章制度时，有权按照制度规定扣除相应工资。比如，员工旷工或迟到早退达到制度规定的次数，公司可按规定扣除相应工资。但需注意，罚款的金额和方式必须合理，不能侵犯员工的合法权益。
员工给公司造成经济损失：
- 若员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可以要求员工赔偿，并可从其工资中扣除赔偿费用。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，员工因操作失误导致公司设备损坏，公司可根据实际情况，在合理范围内从其工资中扣除赔偿费用。
绩效工资调整：
- 绩效工资作为浮动工资部分，公司可以根据员工的绩效考核结果来调整其绩效工资。这种调整应基于公平、公正的原则，并且与员工的绩效表现直接相关。比如，员工绩效考核不达标，公司可根据制度规定，适当降低其绩效工资。
非法扣工资的情形
无明确规章制度依据：
- 如果公司没有制定合法有效的规章制度，或者规章制度未明确规定扣工资的情形，那么公司随意扣除员工工资是不合法的。例如，公司以“管理费”等名目随意扣款，且未得到员工同意或未在合同中明确约定，就属于非法扣款。
超出法定扣除范围：
- 公司不能因员工对工作安排提出合理异议、个人生活习惯等非法定或合同约定的理由而擅自扣减工资。这种扣除行为侵犯了员工的合法权益。比如，员工因拒绝加班而被公司扣款，这种扣款行为就是非法的。
未经员工同意的扣除：
- 除非法律另有规定或劳动合同有明确约定，否则公司未经员工本人同意，不得擅自扣除其工资用于非法定或合同约定的事项。例如，公司未经员工同意，擅自将其工资用于捐款或赞助等，就是违法的。
扣除后工资低于最低工资标准：
- 即使存在可扣款的情形，如果扣除后的工资低于当地最低工资标准，公司也应按照最低工资标准支付员工工资。例如，员工因给公司造成经济损失而被扣款，但扣除后的工资低于当地最低工资标准，公司就应补足差额。
员工维权途径
如果员工认为公司的扣钱行为不合法，可以通过以下途径来维护自己的权益：
与公司协商：首先尝试与公司进行沟通协商，了解扣钱的具体原因和依据，并表达自己的诉求。这是解决争议的最直接方式。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门会对公司的扣钱行为进行调查，并根据调查结果作出相应处理。
申请劳动仲裁：如果员工对公司的扣钱行为有异议，且无法通过协商或投诉解决，可以选择向劳动仲裁机构申请劳动仲裁。劳动仲裁机构会依法进行裁决，保障员工的合法权益。
总结来说，公司扣员工工资是否合法，取决于扣款的具体原因和依据。在合法情形下，公司有权按照规章制度或劳动合同约定扣除员工工资；但在非法情形下，员工有权通过协商、投诉或仲裁等途径来维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。