公司扣员工5%工资是否合法，需根据具体情况判断。以下从多个角度进行分析：
合法的扣钱情形
代扣代缴法定款项：
- 如果公司扣除的5%工资是用于代扣代缴员工的个人所得税、社会保险费用（如养老保险、医疗保险等）、住房公积金以及其他法律、法规规定的应由员工个人负担的费用，那么这种扣除是合法的。
依据合法有效的规章制度：
- 若公司通过民主程序制定了合法有效的规章制度，并且这些制度已向员工公示，规章制度中明确规定了在某些情况下可以扣除员工工资的比例（如旷工、迟到早退等），且扣除5%工资符合制度规定，那么这种扣除也是合法的。
员工给公司造成经济损失：
- 若员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可以要求员工赔偿，并可从其工资中扣除赔偿费用。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。在此情况下，如果扣除5%工资作为赔偿，且符合上述限制条件，则是合法的。
绩效工资调整：
- 如果员工的工资构成中包含绩效工资部分，且公司根据员工的绩效考核结果来调整其绩效工资，导致工资总额减少5%，这种调整应基于公平、公正的原则，并且与员工的绩效表现直接相关，那么这种扣除也是合法的。
不合法的扣钱情形
无明确规章制度依据：
- 如果公司没有制定合法有效的规章制度，或者规章制度未明确规定扣工资的情形，那么公司随意扣除员工5%工资是不合法的。
超出法定扣除范围：
- 公司不能因员工对工作安排提出合理异议、个人生活习惯等非法定或合同约定的理由而擅自扣减5%工资。这种扣除行为侵犯了员工的合法权益。
未经员工同意的扣除：
- 除非法律另有规定或劳动合同有明确约定，否则公司未经员工本人同意，不得擅自扣除其5%工资用于非法定或合同约定的事项。
扣除后工资低于最低工资标准：
- 即使存在可扣款的情形，如果扣除5%工资后的工资低于当地最低工资标准，公司也应按照最低工资标准支付员工工资，因此这种扣除是不合法的。
员工维权途径
如果员工认为公司的扣钱行为不合法，可以通过以下途径来维护自己的权益：
与公司协商：首先尝试与公司进行沟通协商，了解扣钱的具体原因和依据，并表达自己的诉求。这是解决争议的最直接方式。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门会对公司的扣钱行为进行调查，并根据调查结果作出相应处理。
申请劳动仲裁：如果员工对公司的扣钱行为有异议，且无法通过协商或投诉解决，可以选择向劳动仲裁机构申请劳动仲裁。劳动仲裁机构会依法进行裁决，保障员工的合法权益。
总结与建议：公司扣员工5%工资是否合法，需根据具体情况判断。在合法情形下，公司有权按照规章制度或劳动合同约定扣除员工工资；但在非法情形下，员工有权通过协商、投诉或仲裁等途径来维护自己的合法权益。如果员工对公司的扣钱行为有疑问或不满，建议及时与公司沟通或寻求法律帮助。