结论前置：公司扣员工20%的工资是否合法，需根据具体情况判断。无故克扣员工工资是不合法的，但在特定情况下，如劳动者给用人单位造成经济损失或法院裁定等，扣除一定比例的工资可能是合法的，且扣除数额不得超过当月工资的20%，同时要确保扣除后的剩余工资不低于当地最低工资标准。

详细分析：

1. 不合法的情况：

   • 无故克扣：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条和《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得无故克扣或者拖欠劳动者的工资。这意味着，在没有正当理由的情况下，公司不能随意扣除员工工资的任何部分，包括20%。例如，若公司仅以“表现不佳”等模糊理由扣除员工工资，且无法提供具体依据，则属于无故克扣，是不合法的。

2. 合法的情况：

   • 赔偿经济损失：依据《工资支付暂行规定》第十六条，若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿。此时，从劳动者工资中扣除的赔偿部分不得超过当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则需按最低工资标准支付。举例：若员工因操作失误导致公司损失10000元，且劳动合同中有相关赔偿约定，公司可按规定从其工资中扣除相应赔偿，但每月扣除部分不得超过其当月工资的20%，假设员工月工资为5000元，则每月最多扣除1000元，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 法院判决、裁定代扣：根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位可以代扣劳动者工资的情况包括法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等费用。举例：若员工被法院判决需支付一定数额的赡养费，且法院要求用人单位代扣，则用人单位按照判决从员工工资中扣除相应费用是合法的，即使该费用可能达到工资的20%。

劳动者权益保护：

• 若劳动者认为自己的工资被不合理扣除，有权向用人单位询问原因，并要求提供扣款依据。
• 如用人单位无法提供合理解释或依据，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。劳动监察部门会对公司的扣款行为进行调查，并根据调查结果作出相应处理。
• 若对处理结果不满意，劳动者还可以选择向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，劳动仲裁机构会依法进行裁决，保障劳动者的合法权益。

总结：工资扣除百分之二十是否合法，关键在于扣款的原因和依据。无故克扣是不合法的，但在特定情况下，如经济损失赔偿或法院裁定代扣等，扣除一定比例的工资可能是合法的。劳动者应了解自己的权益，如遇不合理扣款，应及时采取措施维护自身权益。若还有其他疑问，可以直接向我咨询。