结论：公司扣员工工资百分之五是否违法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 若公司扣款无合法依据：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。若公司扣款没有合法的理由，如未经劳动者同意、未按照法定程序进行，或者扣款理由不符合法律法规的规定，那么这种扣款行为就是违法的。
   • 法律后果：劳动者有权要求公司返还被扣的工资，并可能依据相关法律法规要求公司支付赔偿金或承担其他法律责任。

2. 若公司扣款有合法依据：

   • 法律背景：在某些情况下，公司可能根据法律法规、劳动合同或公司规章制度的规定，对员工进行合法的扣款。例如，因员工违反公司规章制度、造成公司损失、未履行工作职责等情形，公司可能按照约定或规定扣除一定比例的工资作为赔偿或惩罚。但这种扣款必须符合法律法规的规定，且不得超过法定限度。
   • 具体情形：
     • 法定扣款：如个人所得税、社会保险费等，这些扣款是依据国家法律法规的规定进行的，劳动者应当承担。
     • 约定扣款：如劳动合同中明确约定了因员工原因造成公司损失时，公司可以扣除一定比例的工资作为赔偿。但这种约定必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
     • 规章制度扣款：公司规章制度中可能规定了某些情形下的扣款，但这些规章制度必须经过民主程序制定，且内容合法、合理，不得侵犯劳动者的合法权益。
   • 注意事项：即使公司扣款有合法依据，也需确保扣款比例合理，且不得超过劳动者当月工资的20%（若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付）。在本案例中，扣百分之五的工资，如果符合上述合法依据且比例合理，则可能是合法的。

3. 特殊情形下的扣款：

   • 经济性裁员或停工停产：在特定情况下，如公司因经营困难需要经济性裁员或停工停产时，可能按照相关规定对员工工资进行调整或扣款。但这种情况下的扣款也需遵循法律法规的规定，且需确保劳动者的基本生活需求。

建议：

• 若您认为公司扣款违法或不合理，建议首先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣款理由并提供相关依据。
• 若沟通无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据，如工资条、劳动合同、公司规章制度等，以便在需要时提供证明。

示例： 假设您因违反公司规章制度被公司扣除了百分之五的工资，但您认为该规章制度未经民主程序制定或内容违法，那么您可以向公司提出异议，并要求公司返还被扣的工资。若公司拒绝返还，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。