公司扣员工底薪工资是否违法，需分情况讨论：

1. 若公司扣底薪工资缺乏合法依据，则违法

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
   • 分析：底薪作为员工工资的一部分，公司无权随意扣除。如果公司扣除底薪没有合法的理由，如未经员工同意、未按照劳动合同约定或未遵循国家规定，那么这种行为就构成了违法。

2. 若公司扣底薪工资有合法依据，则可能不违法

   • 合法依据：在某些情况下，公司可能因员工违反公司规章制度、给公司造成损失或存在其他法定情形而扣除部分工资，包括底薪。但这种扣除必须符合法律法规的规定，如扣除的比例、程序等。
   • 具体情形：
     • 员工违纪：如果员工严重违反公司规章制度，公司可以根据规章制度的规定扣除部分工资作为惩罚。但扣除的比例和程序必须合法，且不能违反劳动合同的约定。
     • 员工造成损失：如果员工因故意或重大过失给公司造成损失，公司可以要求员工赔偿，并从其工资中扣除相应金额。但扣除的金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
     • 其他法定情形：如员工未完成工作任务、未达到工作标准等，公司也可能根据劳动合同或规章制度的规定扣除部分工资。但同样需要确保扣除的合法性和合理性。

3. 特殊情况下的工资扣除

   • 代扣代缴：根据法律法规的规定，公司可以从员工工资中代扣代缴个人所得税、社会保险费等费用。这种扣除是合法的，且不属于克扣工资的行为。
   • 经济补偿或赔偿：在特定情况下，如员工违反竞业限制协议、服务期协议等，公司可能要求员工支付经济补偿或赔偿，并从其工资中扣除。但这种扣除必须基于合法的协议和规定，且扣除的金额和程序必须合法。

建议：

• 员工角度：如果公司扣除底薪工资，员工应首先了解扣除的原因和依据。如果认为扣除不合法或不合理，可以与公司协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 公司角度：公司在扣除员工工资时，必须确保扣除的合法性和合理性。建议公司制定完善的规章制度和劳动合同条款，明确工资扣除的情形、比例和程序等，以避免法律纠纷。

总结：公司扣员工底薪工资是否违法，取决于扣除的原因和依据。如果缺乏合法依据，则构成违法；如果有合法依据且符合法律法规的规定，则可能不违法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。