亏本扣员工工资一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论公司是否亏本，都不能随意克扣员工的工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，是劳动者的基本生活来源，公司有义务按时足额支付。
特殊情况分析
虽然一般情况下亏本不能扣员工工资，但也存在一些特殊情况，不过这些情况都有严格的限制和条件：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。例如，员工因严重失职导致公司遭受重大经济损失，公司可以按照规定从员工工资中扣除一定比例作为赔偿，但扣除比例和剩余工资都有明确限制。
- 经劳动者本人同意的：如果公司因为经营困难等特殊原因，需要暂时调整工资支付方式或金额，且与劳动者进行了充分沟通，并取得了劳动者的书面同意，那么在一定期限内、一定范围内调整工资可能是合法的。但这种调整必须合理，不能违反法律法规的强制性规定，也不能损害劳动者的基本权益。比如，公司因短期资金周转困难，与员工协商一致后，暂时将部分工资延迟发放，但承诺在一定时间内补发，且延迟发放的工资比例和期限都合理，这种情况可能是被允许的。
违法后果
如果公司违法克扣员工工资，劳动者可以采取以下措施维护自己的合法权益：
- 与公司协商：劳动者可以先与公司进行协商，要求公司补发被克扣的工资。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对公司进行调查处理，并责令公司限期支付被克扣的工资。
- 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径解决纠纷。如果对仲裁结果不服，还可以向人民法院提起诉讼。
建议：如果你所在的公司存在亏本扣工资的情况，你可以先查看公司的规章制度和劳动合同中是否有相关约定。如果没有合法依据，你可以与公司进行沟通协商，要求公司补发工资。如果协商不成，你可以及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。