结论：跟劳务公司签合同但工资由工厂发放，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合同约定角度

1. 若合同中有明确约定：

   • 如果您与劳务公司签订的合同中明确约定了工资由工厂发放，且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种工资发放方式就是合法的。因为合同是双方意思自治的体现，只要不违反法律，双方应当遵守。

2. 若合同中无明确约定：

   • 如果合同中没有明确约定工资由谁发放，那么通常情况下，工资应当由与您签订合同的劳务公司发放。因为劳务公司作为您的用人单位，有义务按照合同约定向您支付劳动报酬。如果工厂未经您同意擅自发放工资，可能构成对劳务公司支付义务的替代，但这并不直接导致行为违法，只是可能引发劳务公司与工厂之间的纠纷。然而，若这种替代支付行为影响了您的合法权益（如工资数额、支付时间等），您有权向劳务公司提出异议并要求其履行支付义务。

二、法律法规角度

1. 《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这里的“用人单位”指的是与您签订劳动合同的劳务公司。因此，从法律层面讲，劳务公司有义务直接向您支付工资。

2. 工资支付主体的合法性：

   • 工资支付主体通常应为用人单位，即劳务公司。但在某些特殊情况下，如劳务派遣、委托支付等，工资也可能由其他主体支付。然而，这些特殊情况通常需要在合同中明确约定，并符合相关法律法规的规定。如果工厂未经您同意或未在合同中约定而擅自发放工资，且这种行为影响了您的合法权益，那么这种行为可能构成违法。

三、实际操作与风险防范角度

1. 核实合同内容：

   • 建议您首先核实与劳务公司签订的合同内容，特别是关于工资支付方面的约定。如果合同中有明确约定且符合法律法规的规定，那么您可以放心接受工厂的工资发放。

2. 保留相关证据：

   • 无论工资由谁发放，您都应当保留好相关证据，如工资条、银行转账记录等。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。

3. 及时沟通与协商：

   • 如果您对工资发放方式有异议或发现工资发放存在问题，应当及时与劳务公司和工厂进行沟通与协商。通过沟通与协商，往往可以更快地解决问题并避免纠纷的发生。

总结与建议：跟劳务公司签合同但工资由工厂发放是否合法，需根据合同约定和法律法规来判断。建议您核实合同内容、保留相关证据，并在发现问题时及时与劳务公司和工厂进行沟通与协商。如果您对此仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。