结论：公司把员工由劳务公司签订劳务合同但自己发工资这一行为，其合法性不能一概而论，需根据具体情况来判断。
分析：
劳务派遣的合法性基础：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳务派遣是一种特殊的用工形式，它要求劳务派遣单位与被派遣劳动者签订劳动合同，并将劳动者派遣至用工单位工作。在这种模式下，劳务派遣单位是用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务，包括支付工资、提供社会保险等。
- 如果公司确实是通过劳务派遣的方式与员工建立关系，但工资却由公司自己发放，这本身并不直接违反法律规定，关键在于劳务派遣单位与用工单位（即公司）之间的协议约定，以及劳务派遣单位是否仍然履行了其作为用人单位的其他义务（如社会保险缴纳等）。然而，若劳务派遣单位未履行相关义务，而公司直接发放工资可能被视为规避法律责任，这种行为可能存在问题。
可能存在的法律风险：
- 规避法律责任：如果公司通过劳务派遣形式，但实质上却自行承担了用人单位的全部或部分责任（如工资支付），而劳务派遣单位未履行相应义务，这可能被视为公司试图规避法律对用人单位的严格规定，从而面临法律风险。
- 劳动关系认定问题：在实际操作中，如果公司长期自行发放工资，且对员工进行直接管理，可能会引发劳动关系的认定问题。即，员工可能被认定为与实际用工单位（即公司）存在劳动关系，而非与劳务派遣单位存在劳动关系。这种情况下，公司可能需要承担用人单位的全部法律责任。
合规建议：
- 明确协议约定：如果公司确实希望通过劳务派遣形式用工，应与劳务派遣单位签订明确的协议，约定双方的权利和义务，特别是关于工资支付、社会保险缴纳等关键事项。
- 确保合规操作：公司应确保劳务派遣单位按照法律规定履行其作为用人单位的义务，避免直接介入劳务派遣单位与员工之间的劳动关系管理。
- 考虑直接雇佣：如果公司对员工的管理和支付工资等事项已经接近或达到直接雇佣的程度，那么考虑直接与员工签订劳动合同可能更为合规和稳妥。
后续行动建议：
- 如果您作为员工或公司方，对当前的用工模式存在疑虑或担忧，建议进一步审查劳务派遣协议、工资支付记录等相关文件，以明确各方的权利和义务。
- 如有必要，可以寻求专业法律意见，以确保用工模式的合法性和合规性。
如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请随时向我咨询。