公司与员工签劳务协议并约定劳务费包含社会保险、由员工自己办理是不合法的。以下是对此结论的详细解释：

1. 劳务协议与社会保险的关系：

   • 劳务协议虽然不同于劳动合同，但并不意味着可以规避社会保险的缴纳责任。根据相关法律法规，无论是劳动合同还是劳务协议，用人单位都有义务为员工缴纳社会保险。
   • 社会保险是国家强制要求的，旨在保障员工在退休、生病、工伤、失业等情况下的基本生活需求，是员工的合法权益。

2. 约定由员工自己办理社会保险的合法性：

   • 用人单位与员工约定由员工自己办理社会保险并承担相关费用，实际上是在转嫁自身的法定义务，这是不合法的。
   • 即使双方在劳务协议中有此约定，也不能免除用人单位的缴费责任。如果员工因此未能享受到社会保险待遇，用人单位仍需承担相应的法律责任。

3. 建议与措施：

   • 对于公司而言，应依法为员工缴纳社会保险，不应通过劳务协议或其他方式规避这一法定义务。
   • 如果员工发现公司存在未依法缴纳社会保险的情况，应及时向相关部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

综上所述，公司与员工签劳务协议并约定劳务费包含社会保险、由员工自己办理是不合法的。公司应依法履行社会保险缴纳义务，员工也应了解自己的权益并依法维权。如有其他相关法律问题，可直接向我咨询。