结论：进厂通过劳务公司，由劳务公司发放工资是合法的，但前提是劳务公司与工厂之间存在合法的劳务派遣关系，且劳务公司具备相应的资质和合法经营资格。
分析说明：
劳务派遣的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳务派遣是一种合法的用工形式。劳务派遣单位（即劳务公司）与被派遣劳动者（即进厂工作的员工）订立劳动合同后，将劳动者派遣至实际用工单位（即工厂）工作。
- 在这种关系下，劳务公司作为用人单位，负责与劳动者签订劳动合同、支付工资、缴纳社会保险等法定责任。工厂作为用工单位，则负责提供劳动条件、进行劳动管理等。
工资发放的合法性：
- 既然劳务公司是用人单位，那么它就有义务按照劳动合同的约定，按时足额支付劳动者的工资。因此，由劳务公司发放工资是合法的。
- 工资发放应当遵循国家关于工资支付的规定，如工资支付周期、支付方式、支付时间等，确保劳动者的合法权益不受侵害。
劳务公司的资质和合法经营资格：
- 劳务公司必须具备相应的资质和合法经营资格，才能从事劳务派遣业务。这包括取得劳务派遣经营许可证、遵守相关法律法规等。
- 如果劳务公司不具备合法资质或违反法律法规进行经营，那么其与劳动者之间的劳动合同可能无效，工资发放也可能存在违法风险。
特殊场景：
- 如果工厂直接与劳动者签订劳动合同，并自行支付工资，那么就不存在劳务派遣关系。这种情况下，工资发放由工厂直接负责，也是合法的。
- 如果劳务公司未按照劳动合同的约定支付工资，或者存在拖欠、克扣工资等违法行为，劳动者有权向劳务公司主张权利，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
后续行动建议：
- 对于劳动者来说，在进厂工作前，应当了解清楚自己与劳务公司或工厂之间的法律关系，确保自己的权益得到保障。
- 如果发现劳务公司存在违法行为或侵犯自己权益的情况，应当及时收集证据并向相关部门投诉或申请法律援助。
- 有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。