核心结论：员工熬夜工作后查出乙肝，一般情况下公司无需直接赔偿，但若存在特定情形（如公司未履行劳动保护义务、乙肝与工作有直接因果关系等），则可能涉及赔偿问题。以下分情况详细说明：

1. 乙肝一般不属于职业病，公司无需直接赔偿
   乙肝主要通过血液、母婴和性接触传播，并非因工作本身导致的职业病。根据《职业病分类和目录》，乙肝未被列入职业病范畴。因此，单纯因熬夜工作查出乙肝，公司通常无需承担赔偿责任。员工熬夜工作虽可能影响免疫力，但乙肝感染与工作无直接因果关系，公司不构成侵权。

2. 若公司未履行劳动保护义务，可能需承担部分责任
   若公司存在以下情形，可能需承担一定责任：

   • 未提供必要劳动保护：如未安排定期体检、未提供健康工作环境（如未消毒共用工具等），导致乙肝传播风险增加；
     
   • 强迫加班导致健康损害：若公司长期强制员工熬夜加班，导致员工免疫力下降，间接引发乙肝发作或加重病情，可能涉及违反《劳动法》中关于工作时间和休息休假的规定（如每日加班不超过3小时、每月不超过36小时）。此时，员工可主张公司赔偿因健康损害产生的医疗费、误工费等，但需证明乙肝与加班存在直接因果关系，举证难度较高。

3. 若乙肝被认定为工伤，公司需按工伤标准赔偿
   根据《工伤保险条例》，工伤需满足“工作时间、工作场所、因工作原因”三要素。乙肝通常不符合工伤认定条件，但若员工能证明乙肝是因工作特殊环境（如接触乙肝病毒污染的医疗器具、实验室样本等）导致，可能被认定为工伤。此时，公司需按工伤标准赔偿，包括医疗费、伤残补助金等。但此类情形极为罕见，需严格举证。

建议：

• 员工可先与公司协商，要求公司提供健康检查、调整工作安排等；
  
• 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张公司未履行劳动保护义务的赔偿责任；
  
• 若乙肝与工作有直接关联，可申请工伤认定，但需充分准备证据（如工作环境检测报告、医疗鉴定等）。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。