结论：针对您描述的情况，即劳动仲裁时公司代理人自称是公司员工，而到二审时却否认这一身份，您可以采取以下措施来处理：
一、核实身份证据
- 收集仲裁阶段证据：首先，回顾劳动仲裁阶段，公司代理人是否提供了任何证明其为公司员工的文件或证据，如工作证、劳动合同、社保缴纳记录等。这些证据在后续的法律程序中可能仍然有效。
- 获取二审阶段反驳证据：在二审阶段，如果公司代理人否认其员工身份，您可以要求其提供相反的证据，如非员工身份证明、与公司的非雇佣关系证明等。同时，您也可以积极收集其他证据，如公司其他员工的证言、公司内部的通讯记录等，以证明该代理人在仲裁阶段确实代表公司行事。
二、分析法律后果与应对策略
若代理人确为公司员工：
- 如果证据表明该代理人在仲裁阶段确实为公司员工，且其代理行为得到了公司的授权，那么二审中公司否认其员工身份可能构成对之前陈述的否认，但这并不影响仲裁裁决的效力（除非仲裁裁决被依法撤销或变更）。
- 在此情况下，您可以向法院强调公司在仲裁阶段的陈述和证据，以及二审中公司否认的矛盾之处，要求法院维持仲裁裁决或根据新证据作出公正判决。
若代理人非公司员工：
- 如果证据表明该代理人在仲裁阶段并非公司员工，或者其代理行为未得到公司的授权，那么仲裁裁决可能因程序瑕疵而面临被撤销或变更的风险。
- 在此情况下，您需要评估仲裁裁决对您权益的影响，并考虑是否需要申请撤销仲裁裁决或提起新的诉讼来维护自己的权益。同时，您也可以向法院提出，公司在一审或仲裁阶段的陈述构成表见代理或职务行为，要求法院据此作出判决。
三、利用法律程序维护权益
- 申请撤销仲裁裁决：如果您认为仲裁裁决存在程序瑕疵或实体错误，且该瑕疵或错误与代理人身份问题直接相关，您可以在收到仲裁裁决书之日起六个月内向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决。
- 提起诉讼：如果仲裁裁决被撤销或您选择不申请撤销，您可以直接向人民法院提起诉讼，要求法院对劳动纠纷进行实体审理并作出判决。
四、建议与注意事项
- 及时咨询专业律师：在整个处理过程中，建议您及时咨询专业律师，以便更好地了解您的法律权益和可能的法律后果，以及制定更有效的应对策略。
- 保留所有相关证据：无论是仲裁阶段还是二审阶段，都请务必保留所有与案件相关的证据，包括书面文件、电子数据、证人证言等。这些证据将在后续的法律程序中发挥关键作用。
最后，面对公司代理人在不同法律阶段身份陈述不一致的情况，您需要保持冷静，积极收集证据，并利用法律程序来维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。