针对员工劳动争议中个体户法人认可自己为法定经营者，而员工否认的情况，处理方式如下：

1. 明确劳动关系主体：

   • 首先，需要明确的是，劳动关系的主体是用人单位和劳动者。在个体户的情况下，如果个体户法人确实作为经营者，且员工是在该个体户的经营范围内为其提供劳动，那么个体户法人通常会被认定为用人单位。
   • 员工否认个体户法人为用人单位，可能是基于对劳动关系主体的误解或存在其他特殊情况（如实际用人单位与个体户法人存在分离等）。此时，应通过收集相关证据（如工作证、工资条、劳动合同、工作记录等）来明确实际的劳动关系主体。

2. 收集证据以证明劳动关系：

   • 无论是个体户法人还是员工，都应积极收集证据以证明自己的主张。个体户法人可以提供营业执照、经营许可证、员工入职登记表、工资发放记录等证据来证明自己是用人单位。
   • 员工则可以提供工作证、工作服、工资条、与个体户法人的沟通记录（如微信聊天记录、短信等）、同事证言等证据来证明自己与个体户之间存在劳动关系。

3. 劳动仲裁或诉讼途径：

   • 如果双方无法就劳动关系主体达成一致，可以通过劳动仲裁或诉讼途径来解决争议。在劳动仲裁或诉讼过程中，双方应提交各自收集的证据，并接受仲裁庭或法院的调查和询问。
   • 仲裁庭或法院将根据双方提交的证据和法律规定，对劳动关系主体进行认定，并作出相应的裁决或判决。

4. 特殊情况处理：

   • 如果存在实际用人单位与个体户法人分离的情况（如个体户法人只是名义上的经营者，而实际用人单位是另一家公司或个人），则需要进一步查明事实，确定真正的用人单位，并据此处理劳动争议。
   • 在这种情况下，可能需要借助更深入的调查和证据收集，甚至可能需要通过法律程序来追加或变更当事人。

5. 法律建议：

   • 对于个体户法人而言，建议在日常经营中规范用工管理，与员工签订书面劳动合同，明确双方的权利和义务，以避免类似的劳动争议发生。
   • 对于员工而言，如果与个体户法人发生劳动争议，应积极收集证据，维护自己的合法权益。同时，也可以寻求法律援助或咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。

在处理此类劳动争议时，关键在于明确劳动关系主体并收集充分的证据来支持自己的主张。如果双方无法自行解决争议，可以通过劳动仲裁或诉讼途径来寻求公正的裁决或判决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。