在二审中发现对方代理人并非公司员工时，您可以采取以下措施来应对：

1. 提出异议并提交证据：

   • 首先，您需要在二审过程中及时提出对对方代理人资格的异议。这通常涉及指出对方代理人并非被代理公司的员工，因此不具备代表该公司进行诉讼的资格。
   • 为了支持您的异议，您需要提交相关证据，如对方代理人的工资发放记录、社保缴纳记录等，以证明其并非被代理公司的员工。这些证据应当能够清晰地显示对方代理人与被代理公司之间不存在真实的劳动人事关系。

2. 参考类似案例与法院观点：

   • 在处理此类问题时，您可以参考类似的司法案例，特别是那些涉及代理人资格争议的案例。例如，在(2020)最高法民终223号案件中，法院对代理人资格的审查标准进行了明确阐述，即应立足具有真实合法劳动人事关系角度进行审查。
   • 法院通常会要求诉讼代理人提交劳动合同、工资表、社会保险资料等证明材料来证明其与被代理公司之间的真实合法劳动人事关系。如果对方代理人无法提供这些材料，或者提供的材料与实际情况不符，那么法院可能会认定其不具备代理人资格。

3. 关注法院的审查与认定：

   • 在您提出异议并提交证据后，法院会对对方代理人的资格进行审查。法院会综合考虑您提交的证据以及对方可能提供的反驳证据，来认定对方代理人是否具备代表被代理公司进行诉讼的资格。
   • 如果法院认定对方代理人不具备资格，那么其在此前的诉讼行为（如一审中的代理行为）可能会被视为无效，这可能会对案件的审理结果产生影响。

4. 准备应对可能的法律后果：

   • 如果法院最终认定对方代理人不具备资格，那么您需要准备应对由此可能带来的法律后果。例如，如果一审判决是基于对方代理人的无效代理行为作出的，那么您可能需要申请再审或者提起上诉来纠正一审判决。
   • 此外，您还需要考虑与对方进行协商或者调解的可能性，以寻求更为妥善的解决方案。

在处理此类问题时，您需要注意以下几点：

• 确保您提交的证据真实、合法、有效，能够充分证明对方代理人并非被代理公司的员工。
• 密切关注法院的审查进程和认定结果，及时调整您的诉讼策略。
• 在必要时，寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保障。

如果您在处理此类问题时遇到任何困难或者疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更为详细的法律建议。