结论：在适用《食品安全法》第136条的同时作出不予立案决定，是否合法需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、从《食品安全法》第136条的适用条件来看

《食品安全法》第136条规定：“食品经营者履行了本法规定的进货查验等义务，有充分证据证明其不知道所采购的食品不符合食品安全标准，并能如实说明其进货来源的，可以免予处罚，但应当依法没收其不符合食品安全标准的食品；造成人身、财产或者其他损害的，依法承担赔偿责任。”

1. 若食品经营者符合免责条件：

   • 如果食品经营者确实履行了进货查验等义务，有充分证据证明其不知道所采购的食品不符合食品安全标准，并能如实说明进货来源，那么根据第136条，可以免予处罚。
   • 在此情况下，如果市场监管部门经过调查，认为食品经营者的行为符合免责条件，那么作出不予立案决定是合法的，因为此时没有处罚的依据。

2. 若食品经营者不符合免责条件：

   • 如果食品经营者未履行进货查验等义务，或者无法证明其不知道所采购的食品不符合食品安全标准，或者无法如实说明进货来源，那么根据第136条，不能免予处罚。
   • 在此情况下，如果市场监管部门作出不予立案决定，则可能涉嫌违法，因为此时有处罚的依据，而市场监管部门却未依法立案查处。

二、从不予立案决定的作出程序来看

1. 立案审查阶段：

   • 市场监管部门在接到投诉举报或发现违法行为线索后，会进行立案审查，决定是否立案。
   • 立案审查的标准是看是否有证据证明存在违法行为，以及是否属于本部门管辖范围等。
   • 如果市场监管部门在立案审查阶段认为证据不足或不属于本部门管辖范围等，可以作出不予立案决定。

2. 与第136条适用的关系：

   • 立案审查阶段与适用第136条进行免责判断是两个不同的阶段。
   • 立案审查阶段主要关注的是是否有违法行为的存在，而适用第136条则是在确认存在违法行为后，进一步判断是否可以免予处罚。
   • 因此，即使市场监管部门在立案审查阶段作出不予立案决定，也不意味着其已经对第136条的适用进行了判断。如果后续发现确实存在违法行为且不符合免责条件，市场监管部门仍应依法立案查处。

三、综合判断与建议

1. 综合判断：

   • 适用《食品安全法》第136条的同时作出不予立案决定是否合法，取决于食品经营者是否符合免责条件以及市场监管部门作出不予立案决定的程序是否合法。
   • 如果食品经营者符合免责条件且市场监管部门程序合法，那么作出不予立案决定是合法的；反之，则可能涉嫌违法。

2. 建议：

   • 对于食品经营者来说，应严格履行进货查验等义务，确保所采购的食品符合食品安全标准，并妥善保存相关证据以备查验。
   • 对于市场监管部门来说，应严格按照法定程序进行立案审查和处罚决定，确保执法公正、合法。如果认为食品经营者的行为可能符合免责条件，也应在立案审查阶段进行充分调查后再作决定，而不是直接作出不予立案决定。

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