关于《食品安全法》第125条第二款是否立案的问题，首先我们需要明确该条款的具体内容以及它可能涉及的立案情形。
《食品安全法》第125条第二款的内容（此处为假设性阐述，因为实际条款内容可能有所不同）：“如果食品生产经营者违反本法规定，有下列情形之一，尚不构成犯罪的，由县级以上人民政府食品药品监督管理部门没收违法所得和违法生产经营的食品、食品添加剂，并可以没收用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品；违法生产经营的食品、食品添加剂货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款；情节严重的，吊销许可证：……（二）生产经营不符合法律、法规或者食品安全标准的食品、食品添加剂的；……”。
是否立案的分析：
立案的前提：通常，立案是刑事诉讼或行政诉讼的一个环节，指的是司法机关（如法院、检察院）对案件进行受理，并启动相应的法律程序。在食品安全领域，立案通常与是否构成犯罪、是否需要追究刑事责任有关。
《食品安全法》的性质：《食品安全法》是一部行政法规，它主要规定了食品生产经营者的义务和责任，以及监管部门的管理职责。该法中的条款，如第125条第二款，主要是规定了对违法行为的行政处罚，而不是直接涉及刑事立案。
立案与行政处罚的关系：根据《食品安全法》第125条第二款，对于违反该条款的行为，首先是由食品药品监督管理部门进行行政处罚。如果行为构成犯罪，那么会依法追究刑事责任，这时才可能涉及到立案的问题。
结论：因此，单纯从《食品安全法》第125条第二款来看，它并不直接涉及立案的问题。该条款规定的是对违法行为的行政处罚，而不是刑事立案的标准或程序。如果行为构成犯罪，需要追究刑事责任，那么会依据相关的刑事法律规定进行立案。
综上所述，《食品安全法》第125条第二款本身并不直接决定是否立案。对于违反该条款的行为，首先是由食品药品监督管理部门进行行政处罚。如果行为涉嫌犯罪，那么会依法移送司法机关处理，并可能涉及立案的问题。如果你有更具体的案情或疑问，可以直接向我咨询。