员工在公司系统提交了医疗假，到时间没有批复，不去是否算旷工，需分情况判断：
一、若公司制度合法且员工未尽到合理义务，可能构成旷工
公司制度合法性：
- 若公司规章制度明确规定了医疗假的申请流程、审批权限及未获批后的后果，且该制度经民主程序制定并公示，内容合法合理，那么员工未获批即休假可能构成旷工。例如，公司制度规定“医疗假需提前提交医院证明并经主管审批，未经批准擅自离岗视为旷工”，若员工未遵守此规定，则可能面临旷工的认定。
员工请假流程合理性：
- 员工虽已按公司规定提交医疗假申请，但若未提供完整的医疗证明材料（如医院诊断证明、病历等），或未提前通知公司导致主管未及时审批，且公司制度对此有明确规定，那么员工未获批即休假也可能构成旷工。
二、若公司制度存在瑕疵或员工已尽到合理义务，则不宜直接认定为旷工
公司制度瑕疵：
- 若公司制度未明确规定医疗假的申请流程、审批权限及未获批后的后果，或规定本身违反劳动法（如强制要求提供非必要证明），则该条款无效。在此情况下，员工未获批即休假不宜直接认定为旷工。
员工已尽到合理义务：
- 员工已按公司规定提交完整的医疗假申请及证明材料，但因客观原因（如主管未及时审批、系统故障等）导致未获批。在此情况下，员工已尽到合理义务，不宜直接认定为旷工。例如，员工突发疾病无法提前提交书面申请，但及时通过电话或其他方式向公司请假，并提供后续的医疗证明，此时公司若以未收到书面申请为由拒绝批准并认定为旷工，显然不合理。
三、法律风险防范建议
员工层面：
- 优先通过书面/电子方式提交医疗假申请，并保留沟通记录（如邮件、短信、系统截图等）。
- 如病情紧急无法提前请假，应及时电话报备并在事后补交证明材料。
- 了解并遵守公司规章制度中关于医疗假的申请流程、审批权限及未获批后的后果等规定。
企业层面：
- 制定清晰的医疗假管理制度，明确申请流程、审批权限及旷工的认定标准等。
- 确保制度内容合法合理，并通过民主程序制定并公示。
- 对特殊岗位（如急诊医生、消防员等）可设定例外规则，但需符合行业规范。
- 加强沟通，对拒绝请假的理由进行书面说明，避免主观随意性。
四、实际案例参考
- 支持旷工认定的情形：某员工突发疾病但未及时告知公司，也未提交任何证明，事后补交的假条不符合公司“48小时内报备”的规定，法院判定为旷工。
- 不支持旷工认定的情形：员工已提交完整医疗假材料，主管以“人手不足”为由拒绝审批，劳动仲裁委认为公司不得强制带病工作，不构成旷工。
总结来说，员工在公司系统提交了医疗假，到时间没有批复，不去是否算旷工，需结合公司规章制度、请假流程合理性及员工是否已尽到合理义务等因素综合判断。若您遇到此类问题，建议先与公司沟通协商，若无法达成一致，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身权益。如有更多疑问，欢迎直接向我咨询。