公司扣员工底薪，员工可以以此为由申请劳动仲裁并主张离职相关权益。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。底薪作为劳动报酬的重要组成部分，公司无权随意扣除。若公司扣除底薪，属于未及时足额支付劳动报酬的违法行为。

同时，依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：（二）未及时足额支付劳动报酬的。因此，员工有权以公司扣底薪为由，解除与公司的劳动合同，并主张相应的经济补偿。

仲裁流程与权益主张

1. 准备证据：员工需要收集能够证明公司扣除底薪的证据，如工资条、银行流水、公司扣底薪的通知或相关文件等。这些证据将用于证明公司存在违法行为，以及员工因此遭受的损失。
2. 申请劳动仲裁：员工可以向当地劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁申请。在申请中，员工需要明确自己的仲裁请求，如要求公司支付被扣除的底薪、支付经济补偿等。
3. 仲裁过程：劳动争议仲裁委员会将受理员工的仲裁申请，并安排开庭审理。在审理过程中，员工需要提供充分的证据证明自己的主张。若仲裁委员会认定公司存在违法行为，将会裁决公司支付被扣除的底薪，并可能裁决公司支付经济补偿。

经济补偿的计算

若员工以公司扣底薪为由解除劳动合同，并主张经济补偿，经济补偿的计算方式如下： 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

举例说明：假设员工在公司工作了3年，月平均工资为5000元。若公司扣除底薪导致员工解除劳动合同，员工有权主张的经济补偿为3个月工资，即15000元。

后续行动建议

1. 与公司协商：在申请劳动仲裁前，员工可以尝试与公司进行协商，表达自己对扣底薪的不满和理由。若双方能够达成一致，可以通过协商的方式解决纠纷。
2. 寻求法律援助：若员工对劳动仲裁流程不熟悉或需要进一步的法律帮助，可以寻求法律援助机构的支持。

公司扣员工底薪是违法行为，员工有权以此为由申请劳动仲裁并主张离职相关权益。在处理此类纠纷时，员工需要收集充分的证据，并按照法律程序进行维权。如果你还有其他关于劳动仲裁的问题，可以直接向我咨询。