可以离职后申请劳动仲裁来维护自己的权益，如果工资扣除确实存在违法行为。以下是从不同角度为你详细分析：
法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者与用人单位之间因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，属于劳动争议的范畴，劳动者有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。工资扣除违法，显然属于劳动报酬方面的争议，因此劳动者完全可以在离职后申请劳动仲裁。
具体操作与建议
收集证据：
- 在申请仲裁前，你需要收集足够的证据来证明用人单位的工资扣除行为是违法的。这包括但不限于工资条、银行转账记录、劳动合同、公司规章制度等。
- 如果有同事愿意作证，或者你有其他能够证明工资扣除违法的证据，也应当一并收集。
撰写仲裁申请书：
- 仲裁申请书应当明确载明你的仲裁请求、事实和理由。你需要详细描述用人单位的工资扣除行为，以及这种行为如何违反了相关法律法规。
- 同时，你需要提供上述收集到的证据作为支持。
提交仲裁申请：
- 将仲裁申请书和相关证据提交给当地的劳动争议仲裁委员会。
- 仲裁委员会在收到申请后，会进行审查，并决定是否受理。如果受理，仲裁委员会会安排开庭审理。
参与仲裁过程：
- 在仲裁过程中，你需要按照仲裁委员会的要求参与庭审，陈述自己的事实和理由，并出示证据。
- 用人单位也有权进行答辩和出示证据。仲裁委员会会根据双方提供的证据和陈述，作出裁决。
可能的法律后果
- 如果仲裁委员会裁决用人单位的工资扣除行为违法，那么用人单位需要承担相应的法律责任，包括补发被扣除的工资、支付经济补偿金等。
- 如果用人单位对仲裁裁决不服，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。但在此之前，用人单位需要履行仲裁裁决，否则劳动者可以申请法院强制执行。
注意事项
- 时效性：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，你需要在发现工资扣除违法后的一年内申请仲裁。
- 专业咨询：虽然你可以自己申请仲裁，但考虑到劳动仲裁的专业性和复杂性，我建议你如果有条件的话，可以寻求专业律师的帮助。律师可以为你提供更具体的法律建议和指导，帮助你更好地维护自己的权益。
最后，我想强调的是，劳动仲裁是维护劳动者权益的一种有效途径。如果你发现用人单位的工资扣除行为违法，不要害怕或犹豫，及时收集证据并申请仲裁是你的合法权利。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。