结论前置：工资被扣全款时，劳动者有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、可申请劳动仲裁的情形
用人单位无故克扣全款工资：若劳动者正常出勤且完成了工作任务，但用人单位无任何合法理由扣除全部工资，这明显违反了《中华人民共和国劳动法》中关于用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资的规定。在此情形下，劳动者完全有权申请劳动仲裁。
规章制度不合法导致的扣全款工资：如果用人单位依据内部规章制度扣除全部工资，但该规章制度的制定程序不合法（如未经民主程序制定）或内容违反法律法规（如规定迟到一次扣除当月全部工资等过于严苛的条款），那么这种扣减同样是违法的，劳动者可以申请劳动仲裁。
恶意以罚款形式扣除全款工资：用人单位通常不具有罚款权。若企业滥用罚款权，以各种名义对劳动者进行罚款，实际上是变相扣除工资，甚至扣除全部工资，这种行为也是违法的，劳动者同样能通过劳动仲裁维护权益。
二、申请劳动仲裁的流程
准备证据：劳动者需要确保有充分的证据来证明工资被无故扣除，如工资条、银行转账记录、劳动合同、考勤记录等。这些证据是仲裁过程中证明自身权益的关键。
提交申请书：向当地的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，并提交书面仲裁申请书。申请书应载明劳动者和用人单位的基本信息、仲裁请求（如要求支付被扣的全款工资、经济补偿等）、事实和理由（说明工资被克扣的具体情况）、证据及来源等。
仲裁受理：仲裁委员会将在收到申请后五日内作出受理或不予受理的决定，并通知劳动者。若决定受理，将向用人单位送达申诉书副本。
开庭审理与调解：仲裁庭将安排开庭日期，并听取双方陈述和辩论。在查明事实的基础上，仲裁庭会先行调解，促使双方自愿达成协议。若调解成功，将制作调解书；若调解不成，则及时裁决。
仲裁裁决：仲裁庭应在受理申请之日起四十五日内结束案件审理。案情复杂需延期的，经批准可延长十五日。裁决后，将制作仲裁书送达双方。如对裁决不服，可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院起诉。
三、重要注意事项
仲裁时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应在知道工资被扣全款后的一年内申请劳动仲裁。
合法扣减的例外：如果用人单位是基于合法的规章制度扣减工资（如员工违反规定造成经济损失，按规定从工资中扣除赔偿），且扣除金额和方式符合规章制度，则这种扣减通常是合法的，劳动者不能通过劳动仲裁要求返还。但即便如此，扣除全部工资也往往超出了合理范围，除非能证明劳动者的行为给用人单位造成了极其严重的损失。
维权成本与收益：在实际操作中，劳动者应考虑维权成本与收益。对于小额被扣工资，可能通过与用人单位协商或向劳动监察部门投诉更为便捷。但这并不排除劳动仲裁作为重要法律手段的可能性，特别是当涉及金额较大或用人单位态度强硬时。
总结与建议：当工资被扣全款时，劳动者应积极收集证据并通过劳动仲裁等合法途径来维护自己的权益。在申请劳动仲裁前，建议劳动者先尝试与用人单位协商解决；若协商无果，再及时向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。如有必要，劳动者也可寻求我的帮助，获取更具体的法律建议和指导。