公司扣钱，劳动者在符合一定条件下有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条第五项：明确规定因劳动报酬发生的争议属于劳动争议范畴，适用本法进行调解和仲裁。公司扣钱，若涉及劳动报酬的扣减，则完全在法律的保护范围之内，劳动者有权提起劳动仲裁。
2. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这为公司支付工资设定了基本的法律框架和底线，公司扣钱若违反此规定，则劳动者有权维权。
3. 《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条：用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，需承担法律责任，包括限期支付劳动报酬及可能的赔偿金。这也为劳动者在公司扣钱时申请劳动仲裁提供了有力的法律支持。

二、申请劳动仲裁的条件

1. 扣钱行为需无正当理由：若公司扣钱是基于合法的规章制度或劳动者自身过错（如严重违反公司规定造成损失等），且已按照法定程序进行，则可能不属于劳动仲裁直接处理的范畴。但若公司扣钱无正当理由，如无故克扣、恶意拖欠等，则劳动者有权申请劳动仲裁。
2. 准备好相关证据：劳动者需收集并准备好劳动合同、工资条、银行工资流水明细、考勤记录、与公司关于扣钱沟通的聊天记录或书面通知等相关证据，以证明公司存在扣钱的行为且该行为无正当理由。

三、申请劳动仲裁的流程

1. 提交仲裁申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请。申请书应详细说明申请人与被申请人的基本信息、仲裁请求、事实与理由等内容，并附上收集的证据材料。
2. 等待受理与通知：仲裁委员会在收到申请后会进行审查，符合受理条件则予以受理，并将仲裁申请书副本送达被申请人，同时通知双方开庭时间。
3. 开庭审理：双方当事人在指定时间到达仲裁庭参加庭审。在庭审过程中，双方可以进行陈述、举证、质证等环节，就争议焦点进行辩论。
4. 裁决与执行：仲裁庭在审理后作出裁决。若用人单位对裁决结果不履行，劳动者可在规定期限内向法院申请强制执行。一般情况下，仲裁庭会在受理仲裁申请之日起45日内结束审理，案情复杂需要延期的，延长期限不得超过15日。

四、注意事项

1. 仲裁时效：劳动者应在扣钱行为发生之日起一年内提起仲裁，以确保符合《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》规定的仲裁时效。超过时效可能会影响仲裁的申请和受理。
2. 积极配合仲裁庭：在整个仲裁流程中，劳动者应积极配合仲裁庭的工作，提供必要的证据和材料，并按时参加庭审等活动。

五、可能的仲裁结果及其影响

1. 支持劳动者请求：若仲裁委员会认定公司存在扣钱行为且无正当理由，将裁决公司支付被扣除的工资，并可能根据具体情况要求公司支付一定的经济补偿或赔偿金。
2. 驳回劳动者请求：若仲裁委员会认定公司扣钱行为有正当理由或劳动者未能提供充分证据证明公司存在扣钱行为，则可能驳回劳动者的仲裁请求。

总结来说，当公司扣钱行为不合理或违法时，劳动者完全有权依据相关法律法规申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请过程中，劳动者需注意证据的收集和时效的限制，并按照规定的流程提交申请。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。