底薪被扣，劳动者是有权申请劳动仲裁来维护自身合法权益的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，因劳动报酬等发生的争议适用本法。工资，包括底薪，属于劳动报酬的范畴，因此用人单位克扣底薪引发的纠纷，劳动者可以申请劳动仲裁。同时，《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规也明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资，否则将承担法律责任。

二、可申请劳动仲裁的情形

1. 用人单位无故克扣底薪：若劳动者正常出勤且完成了工作任务，但用人单位无任何合法理由扣除底薪，劳动者有权申请劳动仲裁。
2. 规章制度不合法导致的扣底薪：如果用人单位依据内部规章制度扣除底薪，但该规章制度的制定程序不合法或内容违反法律法规，如规定迟到一次扣除当天全部底薪等过于严苛的条款，劳动者同样可以申请劳动仲裁。
3. 恶意以罚款形式扣除底薪：用人单位通常不具有罚款权。若企业滥用罚款权，以各种名义对劳动者进行罚款，实际上是变相扣除底薪，劳动者也能通过劳动仲裁维护权益。

三、申请劳动仲裁的流程

1. 准备证据：劳动者需要准备充分的证据来证明底薪被无故扣除，如劳动合同、工资条、银行转账记录、考勤记录等。这些证据是仲裁过程中证明自身权益的关键。
2. 提交仲裁申请书：向当地的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，并提交书面仲裁申请书。申请书应载明劳动者和用人单位的基本信息、仲裁请求（如要求支付克扣的底薪数额、经济补偿等）、事实和理由、证据及来源等。
3. 仲裁受理：仲裁委员会将在收到申请后五日内作出受理或不予受理的决定，并通知劳动者。若决定受理，将向用人单位送达申诉书副本。
4. 开庭审理与调解：仲裁庭将安排开庭日期，并听取双方陈述和辩论。在查明事实的基础上，仲裁庭会先行调解，促使双方自愿达成协议。若调解成功，将制作调解书；若调解不成，则及时裁决。
5. 仲裁裁决：仲裁庭应在受理申请之日起四十五日内结束案件审理。案情复杂需延期的，经批准可延长十五日。裁决后，将制作仲裁书送达双方。如对裁决不服，可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院起诉。

四、注意事项

1. 合法扣减的例外：如果用人单位是基于合法的规章制度扣减底薪（如员工违反规定造成经济损失，按规定从底薪中扣除赔偿），且扣除金额和方式符合规章制度，则这种扣减通常是合法的，劳动者不能通过劳动仲裁要求返还。
2. 维权成本与收益：在实际操作中，劳动者应考虑维权成本与收益。对于小额被扣底薪，可能通过与用人单位协商或向劳动监察部门投诉更为便捷。但这并不排除劳动仲裁作为重要法律手段的可能性。
3. 及时行使权利：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应及时行使自己的权利，避免超过仲裁时效。

总结与建议：底薪被扣时，劳动者应积极收集证据，并通过劳动仲裁等合法途径来维护自己的权益。如果对仲裁流程或相关法律问题有疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议和指导。