结论前置：被扣除最低工资时，劳动者确实有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、可申请劳动仲裁的情形
用人单位无故克扣最低工资：
- 若劳动者正常出勤且完成了工作任务，但用人单位无任何合法理由扣除最低工资，这明显违反了《中华人民共和国劳动法》中关于工资支付的规定，劳动者有权申请劳动仲裁。
规章制度不合法导致的扣工资：
- 如果用人单位依据内部规章制度扣除工资，但该规章制度的制定程序不合法或内容违反法律法规，例如规定迟到一次扣除当天全部工资（包括最低工资部分）等过于严苛的条款，劳动者同样可以申请劳动仲裁来维护自己的权益。
恶意以罚款形式扣除工资：
- 用人单位通常不具有罚款权。若企业滥用罚款权，以各种名义对劳动者进行罚款，实际上是变相扣除工资，包括最低工资部分，劳动者也能通过劳动仲裁来维护自己的权益。
二、申请劳动仲裁的流程
准备证据：
- 劳动者需要确保有充分的证据来证明最低工资被无故扣除，如工资条、银行转账记录、劳动合同等。这些证据是仲裁过程中证明自身权益的关键。
提交申请书：
- 向当地的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，并提交书面仲裁申请书。申请书应载明劳动者和用人单位的基本信息、仲裁请求（如要求支付被扣除的最低工资数额、经济补偿等）、事实和理由（说明最低工资被克扣的具体情况）以及证据及来源等。
仲裁受理：
- 仲裁委员会将在收到申请后五日内作出受理或不予受理的决定，并通知劳动者。若决定受理，将向用人单位送达申诉书副本。
开庭审理与调解：
- 仲裁庭将安排开庭日期，并听取双方陈述和辩论。在查明事实的基础上，仲裁庭会先行调解，促使双方自愿达成协议。若调解成功，将制作调解书；若调解不成，则及时裁决。
仲裁裁决：
- 仲裁庭应在受理申请之日起四十五日内结束案件审理。案情复杂需延期的，经批准可延长十五日。裁决后，将制作仲裁书送达双方。如对裁决不服，可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院起诉。
三、重要注意事项
保持冷静与理性：
- 在整个仲裁过程中，劳动者应保持冷静和理性，尊重法律和程序，避免情绪化行为影响仲裁结果。
及时咨询与行动：
- 如有必要，劳动者可寻求专业法律帮助以获取更具体的法律建议和指导。同时，要注意仲裁时效，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
评估维权成本与收益：
- 在实际操作中，劳动者应考虑维权成本与收益。对于小额被扣工资，可能通过与用人单位协商或向劳动监察部门投诉更为便捷。但这并不排除劳动仲裁作为重要法律手段的可能性。
举例说明：假设小张在某公司工作，每月应发最低工资为2000元，但公司无故扣除了500元。小张在收集了工资条、银行转账记录等证据后，向当地的劳动争议仲裁委员会提出了仲裁申请。经过开庭审理和调解无果后，仲裁庭作出了裁决，要求公司支付小张被扣除的500元工资及相应的经济补偿。
特殊情况说明：虽然一般情况下劳动者在最低工资被扣除时有权申请仲裁，但如果双方已明确就扣工资事项达成一致，并且劳动者已明确表示接受用人单位的处理结果（如签订书面协议），则此时再进行仲裁可能缺乏事实和法律依据。
综上所述，当最低工资被无故扣除时，劳动者应积极收集证据并通过劳动仲裁等合法途径来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。