结论：公司扣员工工资，若扣工资行为无正当理由，劳动者有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据

1. 《劳动法》第五十条：明确规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这为公司支付工资设定了基本的法律框架和底线。
2. 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条第五项：指出因劳动报酬发生的争议属于劳动争议范畴，适用本法进行调解和仲裁。公司扣工资属于因劳动报酬产生的争议，这意味着劳动者因公司扣工资而提起的争议，完全在法律的保护范围之内。

二、申请劳动仲裁的条件

1. 扣工资行为需为无正当理由：若用人单位基于合法的规章制度（如因劳动者严重违反公司规定造成损失而扣工资，但需确保规章制度合法且已告知劳动者）或劳动者自身过错（如旷工、迟到等，但需按公司合法规定扣减）而扣工资，则可能不属于劳动仲裁直接处理的范畴。因此，劳动者需确保扣工资行为是无正当理由的，比如公司无故、随意扣减工资。
2. 准备好相关证据：劳动者需收集并准备好劳动合同、工资条、考勤记录、银行工资流水明细、与公司关于扣工资沟通的聊天记录或书面通知等相关证据，以证明公司存在扣工资的行为且该行为无正当理由。

三、申请劳动仲裁的流程

1. 提交仲裁申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请。申请书应详细说明申请人与被申请人的基本信息、仲裁请求（如要求公司足额支付被克扣的工资及可能产生的赔偿金）、事实与理由等内容，并附上收集的证据材料。
2. 等待受理与通知：仲裁委员会在收到申请后会进行审查，符合受理条件则予以受理，并将仲裁申请书副本送达被申请人，同时通知双方开庭时间。
3. 开庭审理：双方当事人在指定时间到达仲裁庭参加庭审。在庭审过程中，双方可以进行陈述、举证、质证等环节，就争议焦点进行辩论。
4. 裁决与执行：仲裁庭在审理后作出裁决。若用人单位对裁决结果不履行，劳动者可在规定期限内向法院申请强制执行。一般情况下，仲裁庭会在受理仲裁申请之日起45日内结束审理，案情复杂需要延期的，延长期限不得超过15日。

四、注意事项

1. 仲裁时效：劳动者应在扣工资行为发生之日起一年内提起仲裁，以确保符合《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》规定的仲裁时效。
2. 积极配合仲裁庭：在整个仲裁流程中，劳动者应积极配合仲裁庭的工作，提供必要的证据和材料，并按时参加庭审等活动。

五、可能的仲裁结果及其影响

1. 支持劳动者请求：若仲裁委员会认定公司存在违法扣工资行为，将裁决公司支付被扣除的工资，并可能根据具体情况要求公司支付一定比例的赔偿金或经济补偿。这将有效维护劳动者的合法权益。
2. 驳回劳动者请求：若劳动者证据不足或公司能提供合理扣工资理由和依据，仲裁委员会可能驳回劳动者的仲裁请求。但这并不意味着劳动者无法继续维权，他们仍可通过其他法律途径寻求救济，比如向法院提起诉讼。

举例说明：假设小李是某公司的员工，公司无故扣减了他上个月的工资1000元。小李在收集了劳动合同、工资条、银行工资流水明细等证据后，向劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会提交了仲裁申请。经过审理，仲裁委员会认定公司存在违法扣工资行为，裁决公司支付小李被扣除的工资1000元，并额外支付了500元作为赔偿金。

综上所述，当公司无故扣发劳动者工资时，劳动者可以依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请过程中，劳动者需确保扣工资行为是无正当理由的，并准备好相关证据材料。同时，劳动者也应注意仲裁时效和积极配合仲裁庭的工作，以确保自己的权益得到有效保障。如果你还有其他关于劳动工伤的法律问题，欢迎直接向我咨询。