结论：员工工作满10年不满20年，病假超三个月，这里的“三个月”并非特指工作日的90天，而是指自然月的三个月，且年假是否清零需根据具体规定和实际情况来判断。

分析说明：

1. 关于“三个月”的定义：

   • 在劳动法律语境中，当提及病假时长时，通常指的是自然月的累计时间，而非工作日的累计。这是因为病假是员工因疾病或非因工负伤需要停止工作医疗时，企业根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗假期，这个假期是按照自然月来计算的。
   • 工作日通常指的是周一至周五，不包括周末和法定节假日。如果以工作日来计算病假时长，那么在实际操作中会变得复杂且难以管理，因此，劳动法律中一般采用自然月作为计算病假时长的单位。

2. 关于年假是否清零的问题：

   • 根据《企业职工带薪年休假实施办法》等相关规定，员工连续工作满12个月以上的，享受带薪年休假。年休假的天数根据员工累计工作年限来确定，工作满10年不满20年的，年休假为10天。
   • 病假时长本身并不直接导致年假清零。但是，如果员工在病假期间无法享受年假，或者企业根据内部规章制度规定病假超过一定时长后年假作废，那么年假可能会受到影响。这主要取决于企业的具体规章制度和劳动合同中的约定。
   • 如果企业规章制度或劳动合同中没有明确规定病假超过三个月年假清零，那么企业不能单方面决定年假作废。员工有权根据法律规定享受其应得的年假。

特殊场景：

• 如果企业规章制度或劳动合同中明确规定了病假超过一定时长（如三个月）后年假清零，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么员工在病假超过该时长后，其年假可能会按照企业规定被清零。但这种情况较为少见，且需要企业规章制度或劳动合同的明确约定。

行动建议：

• 对于员工而言，如果病假时长可能超过三个月，且担心年假问题，建议提前查阅企业规章制度和劳动合同中的相关规定，了解自己的权益。
• 如果企业规章制度或劳动合同中没有明确规定病假超过三个月年假清零，而企业却单方面决定年假作废，员工可以与企业进行协商，或者向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。

法律背景：

• 《企业职工带薪年休假实施办法》等相关法律法规为员工享受带薪年休假提供了法律保障。企业在制定规章制度和劳动合同时，必须遵守法律法规的强制性规定，不得侵犯员工的合法权益。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。