结论是：在特定条件下，您离职时是有可能追索公司单方面扣除的六万承包费的。下面我将从不同角度为您详细分析这个问题。
一、法律角度
劳动合同与规章制度：
- 首先，需要查看您与公司签订的劳动合同以及公司的规章制度中，是否有关于承包费扣除的明确规定。如果合同或规章制度中并未规定公司可以单方面扣除承包费，或者扣除的条款违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、社会保险缴纳等），那么公司的行为可能构成违法。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果公司无正当理由扣除您的承包费，这可能违反了劳动合同的约定和法律规定。
时效性：
- 关于追索时效，根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。然而，如果存在连续侵权行为（如公司持续扣除承包费），时效可能从最后一次侵权行为结束之日起计算。
- 在您的情况下，虽然承包费是在4年前被扣除的，但如果公司持续存在类似的侵权行为，或者您在离职时才发现公司的不当行为，您仍然有可能在时效期内提出追索。
二、实际操作角度
证据收集：
- 要追索被扣除的承包费，您需要收集相关证据，如工资单、银行转账记录、劳动合同、公司规章制度等，以证明公司确实扣除了您的承包费，并且这种扣除是没有合法依据的。
协商与调解：
- 在提起劳动争议仲裁或诉讼之前，您可以尝试与公司进行协商或请求劳动行政部门进行调解。这有助于快速解决争议，减少时间和精力的消耗。
劳动争议仲裁与诉讼：
- 如果协商和调解无果，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。在仲裁和诉讼过程中，您需要充分陈述事实、提供证据，并依据相关法律法规进行辩论。
三、建议与风险提示
- 及时行动：如果您决定追索被扣除的承包费，建议尽快采取行动，以免超过时效期。
- 专业咨询：由于劳动争议案件涉及复杂的法律关系和证据收集，建议您在行动前咨询专业律师（比如我）的意见，以确保您的权益得到充分保障。
- 风险评估：在追索过程中，您需要评估可能面临的风险和成本，包括时间成本、经济成本以及可能对公司关系产生的影响等。
最后，如果您有任何关于劳动工伤（工资福利）方面的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。我会尽我所能为您提供专业、全面的法律服务。