针对您提出的“老师请了三天病假被扣了代课费是否合理”的问题，我们需要从两个方面来进行分析：一是学校内部的请假代课制度，二是相关的法律法规。
首先，我们来看学校内部的请假代课制度。根据您提供的高阜中心小学教师请代课制度，一般病假、事假（每学期3天内），由教师自行调课，并在请假条上注明调课安排，再找分管领导批假，学校不安排代课。而一般病假、事假每学期累计超过3天产生的代课费用由请假教师自行负担。这意味着，如果老师在一个学期内请病假或事假累计不超过3天，并且已经自行调课并得到了分管领导的批准，那么学校是不会安排代课，也不会因此扣减代课费的。但如果您请的病假累计超过了3天，那么根据制度，您可能需要自行承担代课费用。不过，这里的关键是看您请的这三天病假是否在一个学期内累计，以及是否已经自行调课并得到了批准。
接下来，我们再看相关的法律法规。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，并与工会或者职工代表平等协商确定。同时，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度公示或者告知劳动者。如果学校扣减代课费的行为没有依据经过民主程序制定并公示或告知的规章制度，或者没有与您进行明确的约定，那么这种扣减行为可能是不合法的。
综合以上两点，我们可以得出以下结论：
如果您请的三天病假在一个学期内累计未超过3天，并且已经自行调课并得到了分管领导的批准，那么学校扣减代课费的行为可能是不合理的，因为根据学校制度，这种情况下学校不安排代课，也不应扣减代课费。
如果您请的三天病假在一个学期内累计超过了3天，那么根据学校制度，您可能需要自行承担代课费用。但即便如此，学校扣减代课费的行为也必须依据经过民主程序制定并公示或告知的规章制度，或者与您有明确的约定。
如果学校扣减代课费的行为没有依据合法的规章制度，或者没有与您进行明确的约定，那么您可以向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
因此，要判断老师请了三天病假被扣了代课费是否合理，需要具体看学校内部的请假代课制度以及相关的法律法规，并结合实际情况进行综合分析。