员工缺勤当月有法定假日时，工资应按照实际出勤天数和法定假日天数综合计算，不应因法定假日而额外扣除员工工资。以下是具体的分析：

一. 工资计算原则

1. 按劳取酬原则：员工的工资应当与其提供的劳动量相对应。法定假日是员工依法享受的休息时间，不应计入缺勤天数。
2. 法定假日不计入缺勤：根据劳动法相关规定，法定假日是员工有权休息的日子，这些天数不应被视为缺勤而扣除工资。

二. 工资计算方法

1. 确定月薪标准：首先明确员工的月薪标准，这是计算工资的基础。
2. 计算实际出勤天数：排除法定假日后，统计员工当月的实际出勤天数。
3. 计算应发工资：根据月薪标准和实际出勤天数，计算出员工应发的工资。通常，应发工资 = 月薪标准 / 当月总天数 * 实际出勤天数（含法定假日）。

例如，若员工的月薪为6000元，当月总天数为30天，其中法定假日为3天，员工实际出勤25天（不含法定假日），则员工应发工资为：6000元 / 30天 * (25天 + 3天法定假日) = 5600元。

三. 注意事项

1. 确保合同明确：劳动合同中应明确工资的计算方式和标准，以避免因理解不一致而产生的纠纷。
2. 合法合规：工资计算应遵守国家法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。

我建议，在计算员工缺勤当月的工资时，应严格按照上述方法执行，确保员工的合法权益得到保障。同时，也建议企业在制定工资制度时，充分考虑员工的权益和企业的长远发展，制定合理、公平的薪酬体系。如有进一步需要，您可以继续咨询我。