公立医院在员工休年假期间扣除奖金是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

1. 劳动合同有明确约定且合法

• 若劳动合同中明确约定，员工休年假期间可扣除相应奖金，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准），则这种做法是合法的。
• 举例：公司规定员工休年假期间奖金按50%比例扣除，且该比例在合理范围内，同时公司已将此规定告知员工并获得其同意，那么这种扣除就是合法的。

2. 劳动合同无约定或公司规定违法

• 若劳动合同中未约定休年假可扣奖金，或者公司的规定违反了法律法规（如《职工带薪年休假条例》等相关规定），则休年假扣奖金的行为就是违法的。
• 法律依据：根据《职工带薪年休假条例》第二条，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
• 举例：公司强制扣除员工休年假期间的全部奖金，而没有任何合理依据，这种行为就可能构成违法。

3. 公司规章制度需合法且公示

• 即使公司有规章制度规定休年假期间可扣奖金，该规章制度也需经过民主程序制定，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示，才能作为确定双方权利义务的依据。
• 法律依据：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条，用人单位根据劳动合同法第四条规定，通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为确定双方权利义务的依据。

法律建议

• 员工角度：若认为公司的做法违法，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式维护自己的合法权益。
• 公司角度：应确保规章制度合法合规，并充分告知员工，避免因违法扣除奖金而引发劳动争议。

总结：公立医院在员工休年假期间扣除奖金是否违法，需根据劳动合同约定、公司规章制度是否合法且公示等因素综合判断。如有疑问或需要进一步帮助，请随时向我咨询。