医院三天两头扣奖金是否违法，需要根据具体情况来判断。
首先，我们要明确的是，医院作为用人单位，有权根据员工的表现、医院的规章制度以及相关的法律法规来制定奖金的发放和扣除规定。但是，这种权力的行使必须建立在合法、合理、公正的基础上。
如果医院扣奖金的行为有明确的法律依据或合同依据：比如，在员工的劳动合同中明确规定了奖金的发放条件和扣除情况，或者医院的规章制度中经过了民主程序制定并公示了相关的奖金扣除规定，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么医院扣奖金的行为可能就是合法的。
如果医院扣奖金的行为没有明确的法律依据或合同依据：或者虽然有依据但扣除的数额、频率等明显不合理，甚至存在随意扣除、恶意克扣的情况，那么这种扣奖金的行为就可能构成违法。在这种情况下，员工可以依法向医院提出质疑，要求医院给出合理的解释和依据，也可以向劳动监察部门投诉，寻求法律的保护。
因此，要判断医院三天两头扣奖金是否违法，需要具体分析医院扣奖金的依据、数额、频率等是否合理、合法。如果你认为医院的扣奖金行为存在违法或不合理的情况，建议你及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。